دوره 5، شماره 2 - ( تابستان 1397 )
جلد 5 شماره 2 صفحات 313-304 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Hosseinpoor M, Parvin H, Nejatian S, Rezaei V. Detection and Extraction of Potential Promoter/Enhancer Interactions in Genome of Cancer Patients using an Evolutionary Multi-Objective Algorithm. jhbmi 2018; 5 (2) :304-313
URL: http://jhbmi.ir/article-1-245-fa.html
URL: http://jhbmi.ir/article-1-245-fa.html
حسین پور محمدجواد، پروین حمید، نجاتیان صمد، رضایی وحیده. کاوش و استخراج برهمکنش های پروموتر/انهنسر بالقوه در ژنوم افراد سرطانی با استفاده از یک الگوریتم چندهدفه تکاملی. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1397; 5 (2) :304-313
دکتری مهندسی برق، استادیار، دانشکده مهندسی برق، واحد یاسوج، دانشگاه آزاد اسلامی، یاسوج، ایران
چکیده: (4851 مشاهده)
مقدمه: سرطان به عنوان یکی از شایعترین انواع بیماری ها، سلامت بسیاری از انسانها را تحت تأثیر قرار داده است. هدف اصلی در این مقاله، ارائه یک الگوریتم تکاملی چندهدفه میباشد. این الگوریتم، با استفاده از اطلاعات برهمکنش بین ژنومی در کروموزوم های افراد مبتلا به سرطان، ناحیه های بالقوه پروموتر/انهنسر را کشف و استخراج میکند. استخراج صحیح این ناحیه ها میتواند به علم پزشکی در تشخیص زودهنگام بیماری سرطان کمک کند.
روش: پژوهش حاضر از نوع کاربردی و توصیفی میباشد. در این پژوهش از مجموعه داده C-Hi شامل اطلاعات مربوط به برهمکنش های بین ژنومی، در سلول GM12878 استفاده شد. جهت کشف و استخراج پروموتر/انهنسرهای بالقوه از الگوریتمی تکاملی و چندهدفه استفاده شد. الگوریتم مذکور با استفاده از نرم افزار متلب پیاده سازی گردید. همچنین کارایی این الگوریتم نیز، با استفاده از دو معیار مورد ارزیابی قرار گرفت. معیار اول، تابع تناسبی است که میزان برهمکنش های بین ژنومی نسبت به طول نواحی ژنوم را محاسبه می کند و معیار دوم تعداد پروموتر/انهنسرهای بالقوه کشف شده میباشد.
نتایج: نتایج و مقایسه های انجام گرفته در این پژوهش، نشان از کارایی بالا و بهینه بودن روش پیشنهادی در کشف پروموتر/انهنسر با طول متغیر نسبت به روش Pro-HiC می باشد؛ بنابراین روش پیشنهادی میتواند پروموتر/انهنسرهای بالقوهای را کشف کند که روش Pro-HiC قادر به کشف آن نیست.
نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست آمده، الگوریتم پیشنهادی قادر به کشف و استخراج بهینه پروموتر/انهنسرهای بالقوه با طول متغیر میباشد، که میتواند در تشخیص زودهنگام سرطان کمک شایانی به علم پزشکی کند.
روش: پژوهش حاضر از نوع کاربردی و توصیفی میباشد. در این پژوهش از مجموعه داده C-Hi شامل اطلاعات مربوط به برهمکنش های بین ژنومی، در سلول GM12878 استفاده شد. جهت کشف و استخراج پروموتر/انهنسرهای بالقوه از الگوریتمی تکاملی و چندهدفه استفاده شد. الگوریتم مذکور با استفاده از نرم افزار متلب پیاده سازی گردید. همچنین کارایی این الگوریتم نیز، با استفاده از دو معیار مورد ارزیابی قرار گرفت. معیار اول، تابع تناسبی است که میزان برهمکنش های بین ژنومی نسبت به طول نواحی ژنوم را محاسبه می کند و معیار دوم تعداد پروموتر/انهنسرهای بالقوه کشف شده میباشد.
نتایج: نتایج و مقایسه های انجام گرفته در این پژوهش، نشان از کارایی بالا و بهینه بودن روش پیشنهادی در کشف پروموتر/انهنسر با طول متغیر نسبت به روش Pro-HiC می باشد؛ بنابراین روش پیشنهادی میتواند پروموتر/انهنسرهای بالقوهای را کشف کند که روش Pro-HiC قادر به کشف آن نیست.
نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست آمده، الگوریتم پیشنهادی قادر به کشف و استخراج بهینه پروموتر/انهنسرهای بالقوه با طول متغیر میباشد، که میتواند در تشخیص زودهنگام سرطان کمک شایانی به علم پزشکی کند.
واژه‌های کلیدی: پروموتر، انهسر، مجموعه داده Hi-C، الگوریتم شبیه‌سازی تبرید چند هدفه MOSA، روش HiC-Pro
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
