مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی

مقدمه: گونه‌های کنه ریپی‌سفالوس سبب ضررهای اقتصادی قابل‌ملاحظه‌ای در ایجاد بیماری در حیوانات و همچنین انسان می‌شوند. Bm86 که یک پروتئین معدی کاندید واکسن می‌باشد توالی آن در بین جدایه‌های گونه‌های ریپی‌سفالوس از نظر جغرافیائی جدا از هم، متغیر و دلیل اصلی کاهش اثربخشی و شکست واکسن‌های نوترکیب است.
روش: در این مطالعه بیوانفورماتیکی توالی‌های انگل های ریپی‌سفالوس میکروپولوس و آنولاتوس استخراج، هم‌ردیف و اصلاح گردیدند. سپس نمودار تغییر‌پذیری و درخت فیلوژنتیک برای آن‌ها ترسیم شد. سپس گروه‌بندی و علامت‌گذاری تاکسون‌ها جهت طراحی واکسن تکاملی، آنتی‌ژن کُبرا‌، مرکز درخت و اجدادی صورت گرفت. همچنین بر روی توالی‌های واکسنی کُبرا آنالیزهای مدل‌سازی و آزمون بر هم‌نهی انجام گرفت.
نتایج: در دو گونه میکروپولوس و آنولاتوس، بیشترین تغییری‌پذیری به ترتیب در حدود آمینواسید‌های 177 تا 181‌، 270 تا 276 و 351 تا 352 مشاهده گردید. 6 توالی به عنوان توالی مناسب جهت طراحی واکسن تکاملی و 12 توالی نیز جهت هم‌ردیفی مجدد و بدست آوردن توالی مورد توافق جهت طراحی آنتی‌ژن کُبرا استفاده گردید. از سوی دیگر توالی مربوط به ریپی‌سفالوس آنولاتوس در شاخه‌های خواهری بوده و بیشتر به یکدیگر شبیه بودند تا به توالی‌های BM86 ریپی‌سفالوس میکروپولوس، به جزء توالی ADQ19687‌. توالی‌های انتخابی جهت طراحی واکسن بر مبنای مرکز درخت و اجدادی نیز به ترتیب از توالی‌های AJE29931، AJE29932 و ATW75472 و توالی‌های ATW5476، ADM86722، ACZ55133 معرفی شدند.
نتیجه‌گیری: واکسن ضد کنه‌ای مبتنی بر روش کُبرا برای Bm86 می‌توانند وسیع‌الطیف‌تر، مقرون به صرفه‌تر و جایگزین بهتری در مقایسه با واکسن‌های نوترکیب فعلی باشند.