fa توانایی اولیگونوکلئوتیدهای ضد ژن RpoD در باکتری استافیلوکوک اورئوس در مهار ژن‌های انسانی: یک مطالعه بیوانفورماتیک تخصصي Special پژوهشي اصیل Original Article <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>مقدمه:</strong> یکی از روش‌های جدید کنترل عفونت‌های میکروبی استفاده از اولیگونوکلئوتیدهای آنتی‌سنس (مکمل) برای مهار ژن‌های ضروری است‌. هدف این مطالعه بررسی 4 توالی مکمل علیه ژن <span dir="LTR">rpoD</span> استافیلوکوکوس اورئوس و پی بردن به تطابق احتمالی در ژن‌های انسانی بود.&nbsp;</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>روش:</strong> نخست به بانک اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (<span dir="LTR">NCBI</span>) مراجعه و ژن <span dir="LTR">rpoD</span> در استافیلوکوکوک اورئوس از آن استخراج و سپس توالی <span dir="LTR">mRNA</span> آن تولید گردید. سپس با توجه به ساختار ثانویه توالی <span dir="LTR">mRNA</span> و بر طبق معیار‌های ترمودینامیک 4 توالی مکمل <span dir="LTR">mRNA</span> انتخاب گردید. در نهایت تطابق توالی‌های مکمل انتخابی به صورت تک‌تک با تمامی ژن‌های انسانی با الگوریتم <span dir="LTR">BlastN</span> مورد بررسی قرار گرفت.</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>نتایج</strong><strong>:</strong> این تحقیق نشان داد که از نظر ساختار ثانویه و پارامتر‌های ترمودینامیک توالی مکمل شماره یک، <span dir="LTR">GAAGAAGTTGGTA</span>‌، بهترین آنتی‌سنس بود و پایین‌ترین <span dir="LTR">Overall ∆G</span> را داشت. تطابق توالی‌های مکمل نشان داد که آنتی‌سنس شماره‌های 1 و 2 و 4 اهداف زیادی در سطح <span dir="LTR">mRNA</span>‌های انسانی داشته، اما آنتی‌سنس شماره 3 با توالی <span dir="LTR">GAAGCAATTAATT</span> بسیار ایده‌آل بوده و تنها می تواند ژن <span dir="LTR">rpoD</span> را هدف قرار دهد.</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>نتیجه‌گیری:</strong> &nbsp;با در نظر گرفتن ساختار ثانویه و پارامتر‌های ترمودینامیک می‌توان توالی‌های آنتی سنس مناسب برای ژن هدف انتخاب کرد، ولی اکثر این آنتی سنس‌ها می‌توانند اهداف دیگری نیز در سطح سلول‌های انسانی داشته باشند.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Introduction:</strong> Using antisense oligonucleotides &nbsp;for targeting essential genes is one of the new methods to control microbial infections. The aim of this study was to investigate four antisense oligonucleotides against rpoD gene of staphylococcus aurous, and to find the probable match in human genes.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Method</strong>: First, rpoD gene of staphylococcus aurous was extracted from NCBI (National Center for Biotechnology Information) database. Then, its mRNA sequence was generated and four antisense were selected according to secondary structure of mRNA and thermodynamic parameters. Finally, matching of each selected antisense and all human genome with Nblast algorithm, was evaluated.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Results</strong>: This study showed that according to secondary structure and thermodynamic parameters, antisense 1, GAAGAAGTTGGTA, was the best antisense, and had the least Overall ∆G. Matching antisense sequences showed that antisense 1, 2, and 4 had different targets at human mRNA level. But, antisense 3, GAAGCAATTAATT, was ideal and could target only rpoD gene.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Conclusion</strong>: Given to secondary structure and thermodynamic parameters, the adequate antisense could be selected for target gene, but most of these antisense targeting other genes in human cells.</p> اولیگونوکلئوتید, استافیلوکوک اورئوس, ژن, ساختار ثانویه, ژن انسانی Oligonucleotide, Staphylococcus aureus, Gene, Secondary structure, Human Gene 211 218 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-158-1&slc_lang=fa&sid=1 Simin Shariat سیمین شریعت simin@gmail.com 10031947532846002393 10031947532846002393 No yazd medical science دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی پزشکی، گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران. Seyed mehdi Kalantar سید مهدی کلانتر 10031947532846002394 10031947532846002394 No دکتری تخصصی ژنتیک پزشکی‌، استاد گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران Seyed Hossein Hekmati Moghadam سید حسین حکمتی مقدم 10031947532846002395 10031947532846002395 No دکتری حرفه‌ای پاتولوژی، دانشیار گروه علوم آزمایشگاهی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران Hengameh Zandi هنگامه زندی 10031947532846002396 10031947532846002396 No دکتری تخصصی میکروبیولوژی، استادیارگروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران Ali Jebali علی جبالی alijebal2011@gmail.com 10031947532846002397 10031947532846002397 Yes Ph.D. in Nanotechnology, Assistant Professor of Medical Nanotechnology, Advanced Medical Sciences and Technologies Dept., School of Para medicine, Shahid Sadoughi University of Medical Sciences, Yazd, Iran. دکتری تخصصی نانو فناوری پزشکی، استادیار گروه علوم و فناوری‌های نوین پزشکی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران