fa مطالعه برهم‌کنش‌های نانو موتورهای عملکردی و پروتئین پیش‌ساز آمیلوئید بتا به عنوان استراتژی نوین ضد آلزایمر توسط مدل‌سازی و شبیه‌سازی رایانه‌ای تخصصي Special پژوهشي اصیل Original Article <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>مقدمه:</strong> در این تحقیق عملکرد 3 نانوموتور بر روی 15 پپتید ترانس ممبرن پروتئین پیش<span dir="LTR">‌</span>ساز آمیلوئید بتا از طریق شبیه<span dir="LTR">‌</span>سازی دینامیک مولکولی انجام گرفت.</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>روش:</strong> در این مطالعه 14 نوع موتانت و 1 نوع نرمال پپتید ترانس ممبرن پروتئین پیش ساز آمیلوئید بتا از پایگاه داده <span dir="LTR">NCBI</span> به دست آمده و سپس شبیه‌سازی با استفاده از نرم افزار<span dir="LTR">Designe</span><span dir="LTR">r </span><span dir="LTR">Ascalaph </span>&nbsp;انجام شد. 15 پپتید با ساختار‌های 3 بعدی پایدار سنتز شده، برای ورود به مرحله شبیه‌سازی انتخاب و سپس با استفاده از نرم‌افزار <span dir="LTR">HyperChem</span>، به مدت 30.000 پیکو ثانیه پپتیدها در مجاورت نانوموتور‌های بیست الکله، هایپرسینی و رتینولی سنتز شده قرار داده شدند. سرانجام 4 پارامتر؛ انرژی آزاد، انرژی بین مولکولی، پتانسیل و مجذور مربع اختلاف مقادیر، از نرم‌ افزار استخراج و نسبت تغییرات آن‌ها محاسبه گردید.</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>نتایج</strong><strong>:</strong> هر نانوموتوری نسبت به پپتیدهای متفاوت دارای عملکردی متفاوت است. نانوموتور ‌هایپرسینی بر پپتید 5، نانوموتور رتینولی بر پپتید 10 و نانوموتور بیست الکل نیز تا حدودی بر روی پپتید 4 بهترین عملکرد را داشتند. اما چون هر نانوموتوری تنها بر روی پپتید موتانتی خاص تأثیرگذار است و آلزایمر ناشی از موتاسیون‌های مختلف می‌باشد، نمی‌توان برای درمان آلزایمر تنها از یک نوع نانوموتور بهره برد.</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>نتیجه &shy;گیری:</strong> می‌توان نتیجه گرفت که در تحقیقات درمانی آلزایمر با در نظر گرفتن ساختار سه بعدی و پارامتر‌های دینامیکی، نانوموتور رتینولی بر روی پپتید موتانت ترانس ممبرن بسیار ایده آل بوده و می‌تواند راهکار درمانی مناسبی باشد.</p> <p style="text-align: justify;"></p> <p style="text-align: justify;"><strong>Introduction:</strong> The aim of this study was to evaluate the performance of three nanomotors on 15 transmembrane amyloid-beta precursor proteins by molecular dynamics simulation.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Method:</strong> In this study, 15 transmembrane APP (14 mutant forms and one normal) were obtained from National Center for Biotechnology Information (NCBI) and separately modeled in Designer Ascalaph. The synthesized peptides with three-dimensional stable structures were selected to be simulated and then were placed near synthesized nanomotors, hypericin, and retinol using HyperChem. At end of simulation, different parameters such as free energy, intermolecular energy, potential energy, and root mean square displacement (RMSD) were separately obtained for each APP. Finally, the ratio of changes was calculated for each parameter.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Results:</strong> The results showed that each nanomotor had different performance on different peptides. Hypericin on peptide 5, retinol on peptide 10, and nanomotors partly on peptide 4 had a great performance. But because each nanomotor influences only special mutant peptide and Alzheimer&#39;s disease is caused by different mutations, only one type of nanomotors cannot be used to treat Alzheimer&#39;s disease.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Conclusion</strong>: According to the investigations performed on the treatment of Alzheimer&rsquo;s disease, it can be concluded that retinol with three-dimensional structure and dynamic parameters has great performance on transmembrane mutant peptide; therefore, it can be considered as a useful treatment strategy.</p> <p style="text-align: justify;"></p> پروتئین پیش ساز آمیلوئید, آلزایمر, شبیه‌سازی, نانوموتور Amyloid Precursor Protein, Alzheimer's disease, Simulation, Nanomotor 100 117 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-158-2&slc_lang=fa&sid=1 Saeideh Jafarinezhad سعیده جعفری نژاد jafarinezhad.s707@yahoo.com 10031947532846002495 10031947532846002495 No دانشجوی کارشناسی ارشد، مرکز تحقیقات زیست فناوری پزشکی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد اشکذر، یزد، ایران. Mahmood Dehghani Ashkezari محمود دهقانی اشکذری 10031947532846002496 10031947532846002496 No استادیار سلولی و تکوین، مرکز تحقیقات زیست فناوری پزشکی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد اشکذر، یزد، ایران. Ali Jebali علی جبالی alijebal2011@gmail.com 10031947532846002497 10031947532846002497 Yes Ph.D. in Medical Nanotechnology Assistant Professor, Medical Biotechnology Research Center, Islamic Azad University-Ashkezar Branch, Ashkezar, Yazd, Iran. استادیار نانوفناوری پزشکی (دکتری تخصصی)، مرکز تحقیقات زیست فناوری پزشکی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اشکذر، یزد، ایران