fa مطالعه بیوانفورماتیک اعضای خانواده miR-200 و ژن‌های هدف آن در سرطان پروستات بیوانفورماتیک Bioinformatics پژوهشي اصیل Original Article <div style="text-align: justify;"><span style="font-family:tahoma;"><strong><span style="color:black;">مقدمه:</span></strong> با توجه به محدودیت‌های تست تشخیصی رایج سرطان پروستات، معرفی بیومارکرهای با ویژگی بالاتر جهت تشخیص دقیق‌تر و به‌هنگام سرطان پروستات مورد توجه می‌باشد. هدف از انجام این مطالعه، بررسی بیوانفورماتیکی خانواده <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-200</span></span> (<span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-200a,</span></span> <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-200b, miR-200c</span></span><span dir="LTR">, </span><span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-141</span></span><span dir="LTR">, </span><span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-429</span></span>) و پیش‌بینی هدف‌های ژنی این خانواده، جهت بررسی بیشتر تحت عنوان بیوماکر تشخیصی بود.<br> <strong><span style="color:black;">روش:</span></strong> این تحقیق از نوع تئوری و بر پایه بررسی بیوانفورماتیکی میکرو <span dir="LTR">RNA</span> بود که به منظور جستجوی ژن‌های هدف خانواده <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-200</span></span> در مسیرهای سیگنالینگ شناخته شده در پاتوژنز سرطان پروستات از پایگاه <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">DIANA TOLLS-mirPath v.3</span></span> استفاده شد. سپس به تأیید ژن‌های معرفی شده توسط ابزارهای پیشگویی کننده آنلاین مانند <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">MiRWalk</span></span><span dir="LTR">, </span><span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">Targetscan</span></span><span dir="LTR">, </span>&nbsp;<span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">RNAhybrid,</span></span>&nbsp; پرداخته شد. در انتها نقش عملکردی ژن‌های هدف معرفی شده توسط پایگاه بیوانفورماتیک <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">DAIVID</span></span> بررسی شد.<br> <strong><span style="color:black;">نتایج</span></strong><strong>:</strong> با توجه به نتایج حاصل از این بررسی ژن <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">E2F3</span></span> هدف مشترک تمام اعضای خانواده <span dir="LTR">miR-200</span> است، <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">BCL2</span></span> به عنوان هدف مشترک <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-200b/c/429</span></span> و <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">CCNE2</span></span> به عنوان هدف مشترک <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-200a/141</span></span> بودند. همچنین <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-200c</span></span> با هدف قرار دادن <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">CDKN1B</span></span> و <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-429</span></span> با هدف قرار دادن <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">KRAS</span></span> می‌تواننند در ایجاد سرطان پروستات مداخله کنند.&nbsp;<br> &nbsp;<strong>نتیجه‌گیری:</strong> نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که اعضای خانواده <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">miR-200</span></span> با هدف قرار دادن ژن‌های دخیل در پروسه‌های بیولوژیکی مهم و مسیرهای مولکولی دخیل در پاتوژنز سرطان پروستات احتمالاً می‌توانند تحت عنوان بیومارکر تشخیصی در مطالعات آتی مورد بررسی بیشتر قرار بگیرند.</span><br> &nbsp;</div> <div style="text-align: justify;"><strong>Introduction:</strong> Considering the limitations of the common diagnostic test for prostate cancer prostate cancer, the introduction of higher-specific biomarkers for a more accurate and timely diagnosis of prostate cancer is desired. In this study, we aimed to investigate the miR-200 family (miR-200a, miR-200b, miR-200c, miR-141, and miR-429) and their target genes using bioinformatics prediction tools in order to propose potential diagnostic biomarkers for prostate cancer.<br> <strong>Method:</strong> In this theoretical study, based on bioinformatics study of micro RNA, the DIANA TOLLS-mirPath v.3 database was used to search the target genes of the miR-200 family in the signaling pathways known in prostate cancer pathogenesis. Then, we confirmed the suggested genes by the online predictive tools such as MiRWalk, Targetscan and RNAhybrid. Finally, the functional role of target genes was investigated on the DAIVID bioinformatics database.<br> <strong>Results:</strong> According to the results of this study, the E2F3 gene is the target of all family members of miR-200, BCL2 is the common target of miR-200b / miR-200c / miR-429 and CCNE2 is the common target of miR-200a / miR-141 subsets. Also, miR-200c and miR-429 can modulate the pathogenesis of prostate cancer by targeting CDKN1B and KRAS genes, respectively.<br> <strong>Conclusion</strong>: The results of this study showed that members of the miR-200 family targeting the genes involved in important biological processes and molecular pathways of prostate cancer pathogenesis are likely to be effective diagnostic biomarkers in future experimental studies.<br> &nbsp;</div> سرطان پروستات, خانواده miR-200, پیشبینی بیوانفورماتیک Prostate cancer, miR-200 family, Bioinformatics 495 506 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-427-1&slc_lang=fa&sid=1 Maryam Khorasani مریم خراسانی m.k.khorasani@gmail.com 10031947532846006064 10031947532846006064 No Ph.D Student of Molecular Medicine, Molecular Medicine Department, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran. دانشجوی دکترای پزشکی مولکولی، بخش پزشکی مولکولی انیستیتو پاستور ایران، تهران، ایران Shirin Shahbazi شیرین شهبازی sh.shahbazi@modares.ac.ir 10031947532846006065 10031947532846006065 No Associate Professor, Medical Genetics, Medical Genetics Department, Faculty of Medical Sciences, Tarbiat Modares‎ University, Tehran, Iran. دکترای ژنتیک پزشکی، دانشیار گروه ژنتیک پزشکی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Reza Mahdian رضا مهدیان dr.reza.mahdian@gmail.com 10031947532846006066 10031947532846006066 Yes Ph.D. in Medical Biotechnology, Associate Professor in Medical Biotechnology Dept., Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran دکترای بیوتکنولوژی پزشکی، دانشیار گروه پزشکی مولکولی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران