en مقایسه اتصال اینترفرون ‌بتای طبیعی و جهش‌یافته (mHuIFN-β 27-101) به پذیرندهIFNRA به کمک داکینگ مولکولی بیوانفورماتیک Bioinformatics پژوهشي اصیل Original Article <div style="text-align: justify;"><span style="font-family:tahoma;"><strong><span style="color:black;">مقدمه:</span></strong> اینترفرون بتا جزء گروه <span dir="LTR">I </span>&nbsp;اینترفرون‌ها می‌باشد. ایجاد جهش‌های <span dir="LTR">R27T</span> و <span dir="LTR">V101F</span> از جمله پژوهش‌های مهم صورت گرفته در جهت بهبود عملکرد، کاهش ایمونوژنیسیتی، افزایش بیان و افزایش نیمه عمر آن می‌باشد. در این تحقیق اثر جهش‌های <span dir="LTR">R27T</span> و <span dir="LTR">V101F</span> بر اتصال اینترفرون ‌بتا‌ نوترکیب به پذیرنده‌ <span dir="LTR">IFNAR</span> به کمک داکینگ مولکولی مورد بررسی قرار گرفت.<br> <strong><span style="color:black;">روش: </span></strong>این مطالعه به صورت بیوانفورماتیکی انجام شد. ساختارهای کریستالی مورد‌نیاز از بانک اطلاعاتی <span dir="LTR">RCSB</span> تهیه گردید. شبیه‌سازی جهش‌ <span dir="LTR">R27T</span> و <span dir="LTR">V101F</span>در نرم‌افزار بر خط <span dir="LTR">Rosetta Bakrub</span> انجام گرفت. مقایسه دسترسی به حلال برای اسید‌آمینه‌ها در ساختارهای ایجاد شده، در سرور برخط <span dir="LTR">asaview</span> انجام گرفت. همچنین اثر جهش‌های ایجاد شده بر ساختار و پیچ خوردگی پروتئینی در سرور برخط <span dir="LTR">Hope</span> و نرم<span dir="LTR">‌</span>افزار <span dir="LTR">SPDBV</span> و داکینگ مولکولی بین <span dir="LTR">HuIFN-&beta;</span> و ناحیه خارجی پذیرنده <span dir="LTR">IFNAR</span> با استفاده از سرور برخط داکینگ پروتئین-پروتئین <span dir="LTR">&nbsp;ClusPro2 </span>انجام گرفت.<br> <strong><span style="color:black;">نتایج</span></strong><strong>:</strong> مقایسه مقادیر منفی‌ترین سطح انرژی اتصال( <span dir="LTR">&Delta;G_bind</span>) حاصل از داکینگ مولکولی پروتئین-پروتئین بین پذیرنده <span dir="LTR">IFNAR</span> و لیگاندهای<span dir="LTR">HuIFN-&beta;</span>، <span dir="LTR">mHuIFN-&beta;-27</span>، <span dir="LTR">mHuIFN-&beta;-101</span> و <span dir="LTR">mHuIFN-&beta;-27-101</span> تفاوت فاحشی را نشان ندادند و اختلاف معنی‌داری بین آن‌ها مشاهده نگردید (0/99<span dir="LTR">P></span>).<br> <strong>نتیجه‌گیری:</strong> با توجه به این نتایج می‌توان استنباط کرد که جهش‌های ایجاد شده اثر منفی بر تشکیل ترکیب <span dir="LTR">rHuIFN-&beta;/IFNAR</span> ندارد و اختلالی در اتصال اینتر‌فرون بتای نوترکیب به پذیرنده ایجاد نمی‌کند و باعث افزایش بهبود و کیفیت <span dir="LTR">rHuIFN-&beta;</span> تولیدی گردید.</span><br> &nbsp;</div> <div style="text-align: justify;"><strong>Introduction:</strong> Interferon beta is one of the members of type I interferons. Creating R27T and V101F mutations is one of the important researches performed to improve function, decrease immunogenicity, increase expression and increase half-life of interferon beta. In this study, the effects of R27T and V101F mutations on interferon beta binding to interferon receptors were studied by molecular docking.<br> <strong>Method:</strong> This study was performed through Bioinformatics methods. The required crystal structures were provided by the RCSB server. The simulations of R27T and V101F mutations were performed using online Rosetta Backrub software. Comparison of access to the solvent for the amino acids in the created structures was performed using asaview online server. Also, the effect of mutations on the structure and protein folding was investigated by the online Hope server and SPDBV software. The molecular docking between HuIFN-&beta; and the external region of IFNAR receptor was performed using the online ClusPro2 protein-protein docking server.<br> <strong>Results:</strong> The comparison of the values of the negative binding energy (&Delta;Gbind) obtained from protein-protein molecular docking between IFNAR receptor and HuIFN-&beta;, mHuIFN-&beta;-27, mHuIFN-&beta;-101 and mHuIFN-&beta;-27-101 ligands did not show a significant difference (P> 0.99).<br> <strong>Conclusion</strong>: Regarding these results, it can be concluded that the produced mutations do not have a negative effect on the forming of rHuIFN-&beta;/IFNAR complex and does not interfere with the binding of the interferon beta to the receptor and thus improves the quality of the produced rHuIFN-&beta;.<br> &nbsp;</div> اینترفرون بتا, داکینگ مولکولی, پذیرنده اینترفرون Interferon Beta, Molecular Docking, IFNAR 411 422 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-450-1&slc_lang=en&sid=1 Zohreh Hojati زهره حجتی z.hojati@sci.ui.ac.ir 10031947532846006007 10031947532846006007 Yes Ph.d, in Division of Genetics, Biology Dept., Faculty of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, Iran دانشجوی دکتری تخصصی ژنتیک مولکولی، بخش ژنتیک،گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Sayed Sharif Balkhi سید شریف بلخی s.balkhi@sci.ui.ac.ir 10031947532846006008 10031947532846006008 No دکتری تخصصی ژنتیک مولکولی، دانشیار، بخش ژنتیک، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران