fa یک روش ترکیبی اندازه‌های مرکزیت و خواص زیستی برای بهبود تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی در شبکه‌های PPI وزنی بیوانفورماتیک Bioinformatics پژوهشي اصیل Original Article <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:12px;"><strong><span style="color:black;">مقدمه:</span></strong> در شبکه‌های برهمکنش پروتئینی، یک کمپلکس گروهی از پروتئین‌ها است که موجب فرآیند زیستی می‌شوند. شناسایی درست کمپلکس‌ها می‌تواند به فهم بهتر عملکرد سلول‌ها کمک کند تا در اهداف درمانی مانند کشف دارو مورد استفاده قرار گیرد. یکی از روش‌های متداول برای شناسایی کمپلکس‌ها در ‌شبکه‌های برهمکنش پروتئینی، خوشه‌بندی است؛ اما هدف این پژوهش یافتن روشی جدید برای شناسایی دقیق‌تر کمپلکس‌ها است.<br> <strong><span style="color:black;">روش:</span></strong> در این مطالعه توسعه‌ای&ndash;کاربردی‌ از شبکه‌های پروتئینی مخمر و انسان استفاده شد. مجموعه‌های داده‌ای مخمر به نام‌های <span dir="LTR">DIP</span>،<span dir="LTR">MIPS</span>&nbsp; و <span dir="LTR">Krogan</span> به ترتیب دارای ۴۹۳۰ گره و ۱۷۲۰۱ برهمکنش‌، ۴۵۶۴ گره و ۱۵۱۷۵ برهمکنش و ۲۶۷۵ گره و ۷۰۸۴ برهمکنش و مجموعه داده‌ای انسان دارای 37437 برهمکنش است. الگوریتم &nbsp;پیشنهادی و الگوریتم‌های مشهور در شناسایی کمپلکس‌های پروتئینی بر روی مجموعه‌های داده‌ای اجرا شده‌اند و کمپلکس‌های پیش‌بینی شده با مجموعه داده‌های معیار <span dir="LTR">CYC2008</span> و <span dir="LTR">CORUM</span> مورد مقایسه قرار گرفتند.<br> <strong><span style="color:black;">نتایج</span></strong><strong>:</strong> در این تحقیق روش جدیدی از دسته روش‌های مبتنی بر هسته و پروتئین‌های الحاقی جهت تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی استفاده شد که دارای کارایی بالایی در تشخیص بود. هرچه قدر تشخیص کمپلکس‌ها دقیق‌تر باشد، می‌توان پروتئین‌های دخیل در یک فرآیند زیستی را درست‌تر تشخیص داد. معیار‌های ارزیابی نشان داد که روش پیشنهادی، بهبود قابل‌توجهی نسبت به دیگر روش‌ها دارد.<br> <strong>نتیجه&shy; گیری:</strong> با توجه به نتایج به دست آمده مشاهده شد که روش پیشنهادی تعداد مناسبی از کمپلکس‌های پروتئینی را شناسایی نمود و بیشترین نسبت معنی‌داری زیستی را در همکاری عملکردی پروتئین‌ها دارد.&nbsp; </span></div> <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:12px;"><strong>Introduction:</strong> In protein-protein interaction networks (PPINs), a complex is a group of proteins that allows a biological process to take place. The correct identification of complexes can help better understanding of the function of cells used for therapeutic purposes, such as drug discoveries. One of the common methods for identifying complexes in the PPINs is clustering, but this study aimed to identify a new method for more accurate identification of complexes.<br> <strong>Method:</strong> In this study, Yeast and Human PPINs were investigated. The Yeast datasets, called DIP, MIPS, and Krogan, contain 4930 nodes and 17201 interactions, 4564 nodes and 15175 interactions, and 2675 nodes and 7084 interactions, respectively. The Human dataset contains 37437 interactions. The proposed and well-known methods have been implemented on datasets to identify protein complexes. Predicted complexes were compared with the CYC2008 and CORUM benchmark datasets. The evaluation criteria showed that the proposed method predicts PPINs with higher efficiency.<br> <strong>Results:</strong> In this study, a new method of the core-attachment methods was used to detect protein complexes enjoying high efficiency in the detection. The more precise the detection method is, the more correct we can identify the proteins involved in biological process. According to the evaluation criteria, the proposed method showed a significant improvement in the detection method compared to the other methods.<br> <strong>Conclusion:</strong> According to the results, the proposed method can identify a sufficient number of protein complexes, among the highest biological significance in functional cooperation with proteins. &nbsp;</span></div> <p class="04-abstract" style="margin-top:0cm;margin-right:0cm;margin-bottom:6.0pt; margin-left:0cm"></p> کمپلکس‌های پروتئینی, شبکه برهمکنش پروتئینی, اندازه‌های مرکزیت, پروتئین‌های اساسی, الگوریتم مبتنی بر هسته و پروتئین‌های جانبی Protein complexes, Protein interaction network, Centrality measures, Essential protein, Core-attachment Algorithm 46 58 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-467-1&slc_lang=fa&sid=1 Abdolkarim Elahi عبدالکریم الهی elahi@grad.kashanu.ac.ir 10031947532846004796 10031947532846004796 No Ph.D. Student in Computer, Faculty of Electrical and Computer Engineering, University of Kashan, Kashan, Iran دانشجوی دکتری مهندسی کامپیوتر، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشکده برق و کامپیوتر، دانشگاه کاشان، کاشان، ایران Seyed Morteza Babamir سید مرتضی بابامیر babamir@kashanu.ac.ir 10031947532846004797 10031947532846004797 Yes Ph.D. in Computer, Associate Professor, Faculty of Electrical and Computer Engineering, University of Kashan, Kashan, Iran دکتری مهندسی کامپیوتر، دانشیار، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشکده برق و کامپیوتر، دانشگاه کاشان، کاشان، ایران