fa آنالیز و طراحی پیشرفته واکسن کُبرا (آنتی‌ژن وسیع‌الطیف بهینه شده با روش‌های محاسباتی) برای پروتئین Bm86 معدی کنه‌های آنولاتوس و میکروپولوس جنس ریپی‌سفالوس بیوانفورماتیک Bioinformatics پژوهشي اصیل Original Article <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:tahoma;"><strong><span style="color:black;">مقدمه:</span></strong> گونه‌های کنه <em>ریپی‌سفالوس</em> سبب ضررهای اقتصادی قابل‌ملاحظه‌ای در ایجاد بیماری در حیوانات و همچنین انسان می‌شوند. <span dir="LTR">Bm86</span> که یک پروتئین معدی کاندید واکسن می‌باشد توالی آن در بین جدایه‌های گونه‌های <em>ریپی‌سفالوس</em> از نظر جغرافیائی جدا از هم، متغیر و دلیل اصلی کاهش اثربخشی و شکست واکسن‌های نوترکیب است.<span style="font-family:b mitra;"></span><br> <strong><span style="color:black;">روش:</span></strong> در این مطالعه بیوانفورماتیکی توالی‌های انگل های <em>ریپی‌سفالوس</em> <em>میکروپولوس</em> و <em>آنولاتوس</em> استخراج، هم‌ردیف و اصلاح گردیدند. سپس نمودار تغییر‌پذیری و درخت فیلوژنتیک برای آن‌ها ترسیم شد. سپس گروه‌بندی و علامت‌گذاری تاکسون‌ها جهت طراحی واکسن تکاملی، آنتی‌ژن کُبرا‌، مرکز درخت و اجدادی صورت گرفت. همچنین بر روی توالی‌های واکسنی کُبرا آنالیزهای مدل‌سازی و آزمون بر هم‌نهی انجام گرفت.<br> <strong>نتایج:</strong> در دو گونه <em>میکروپولوس</em> و <em>آنولاتوس</em>، بیشترین تغییری‌پذیری به ترتیب در حدود آمینواسید‌های 177 تا 181‌، 270 تا 276 و 351 تا 352 مشاهده گردید. 6 توالی به عنوان توالی مناسب جهت طراحی واکسن تکاملی و 12 توالی نیز جهت هم‌ردیفی مجدد و بدست آوردن توالی مورد توافق جهت طراحی آنتی‌ژن کُبرا استفاده گردید. از سوی دیگر توالی مربوط به <em>ریپی‌سفالوس</em> <em>آنولاتوس</em> در شاخه‌های خواهری بوده و بیشتر به یکدیگر شبیه بودند تا به توالی‌های <span dir="LTR">BM86</span> <em>ریپی‌سفالوس</em> <em>میکروپولوس</em>، به جزء توالی <span dir="LTR">ADQ19687</span>‌<span dir="LTR">.</span> توالی‌های انتخابی جهت طراحی واکسن بر مبنای مرکز درخت و اجدادی نیز به ترتیب از توالی‌های <span dir="LTR">AJE29931</span>، <span dir="LTR">AJE29932</span> و <span dir="LTR">ATW75472</span> و توالی‌های <span dir="LTR">ATW5476</span>، <span dir="LTR">ADM86722</span>، <span dir="LTR">ACZ55133</span> معرفی شدند. <span dir="LTR"></span><br> <strong>نتیجه‌گیری:</strong> واکسن ضد کنه‌ای مبتنی بر روش کُبرا برای <span dir="LTR">Bm86</span> می‌توانند وسیع‌الطیف‌تر، مقرون به صرفه‌تر و جایگزین بهتری در مقایسه با واکسن‌های نوترکیب فعلی باشند.</span><span style="font-family:b mitra;"></span></p> <div style="text-align: justify;"><span style="font-family:tahoma;"><strong>Introduction:</strong> The cattle tick <em>Rhipicephalus</em> spp. causes significant economic losses due to diseases in animals and human. Bm86 is a midgut protein and vaccine candidate, which its sequences among the isolates of <em>Ripsephalus</em> spp are geographically separated, variable, and are the main reason for reducing effectiveness, and subsequently, the failure of the recombinant vaccines.<br> <strong>Method:</strong> In this bioinformatics study, the sequences of <em>R. microplus</em> and <em>R. annulatus</em> were retrieved, aligned, and edited. Then, the variation plot and phylogenetic tree were constructed. Afterwards, grouping and taxa marking for designing evolutionary vaccine, COBRA antigen, center of tree and ancestral were done. Also, over COBRA vaccine sequences, modeling analysis and superimpose test were done.<br> <strong>Results:</strong> In both <em>R. microplus</em> and <em>R. annulatus</em>, the most variable region were residues 177-181, 270-276, and 351-352, respectively. 6 sequences were selected as appropriate sequences for design of evolutionary vaccine, and 12 for the realignment of and achieving sequences for design of COBRA antigen. On the other hand, <em>R.</em> <em>annulatus</em> sequences were in sister branches and more similar to each other compared to Bm86 protein sequences in <em>R.</em> <em>microplus</em> except ADQ19687. The sequences selected for vaccine design based on the center of tree and ancestral, were AJE29931, AJE29932, and ATW75472, and ATW5476, ADM86722, ACZ55133 sequences, respectively.<br> <strong>Conclusion</strong>: Anti-tick COBRA-based vaccines of Bm86 could be more cost-effective and better alternative with broader spectrum, compared to the commonly used recombinant vaccines.</span></div> کنه ریپی‌سفالوس, میکروپولوس, آنولاتوس, واکسن, کُبرا Rhipicephalus, Microplus, Annulatus, Vaccine, COBRA 140 151 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-515-1&slc_lang=fa&sid=1 Gholamreza Karimi غلامرضا کریمی 10031947532846004854 10031947532846004854 No . Ph.D in Parasitology, Assistant Professor in Parasitology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran دکتری تخصصی انگل‌شناسی، استادیار، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران Mohammad Mehdi Ranjbar محمد مهدی رنجبر mm.ranjbar.phd@gmail.com 10031947532846004855 10031947532846004855 Yes Ph.D in Immunology, Assistant Professor, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran دکتری تخصصی ایمنی‌شناسی، استادیار، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران Naebali Ahmadi نائبعلی احمدی 10031947532846004856 10031947532846004856 No . Ph.D in Parasitology, Professor, Faculty of Paramedical Sciences, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran دکتری تخصصی انگل‌شناسی، استاد، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران Sajjad Yazdansetad سجاد یزدان ستاد sajjad.yazdansetad@gmail.com 10031947532846004857 10031947532846004857 No Ph.D in Microbiology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran دکتری تخصصی میکروب‌شناسی، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران