fa مقایسه کمی زوج درخت‌های حاصل از درخت‌های فیلوژنتیکی ژن و پروتئین برای آنزیم سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، درخت‌های 5SrRNA و تاکسونومی در گونه‌های منتخب باکتریایی بیوانفورماتیک Bioinformatics پژوهشي اصیل Original Article <div style="text-align: justify;"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="color:#000000;"><strong>مقدمه:</strong> خانواده پروتئینی <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">FAD-FR</span></span> دارای کوفاکتور <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">FAD</span></span> می‌باشد. یکی از آنزیم‌های مهم این خانواده سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا می‌باشد. هدف این مطالعه توجه به کاربرد‌های این آنزیم در بیوتکنولوژی و صنعت این آنزیم در 19 گونه مشخص در ارتباط با تکامل است.<span style="font-family:B Mitra;"></span><br> <strong>روش:</strong> توالی<span dir="LTR">‌</span>های ژن و پروتئین سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، توالی‌های <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">5SrRNA</span></span> و درخت تاکسونومی برای 19 گونه انتخابی باکتریایی استخراج شد. سپس به مقایسه کمی درخت‌های فیلوژنتیکی توالی‌های <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">5SrRNA</span></span>، ژن و پروتئین با یکدیگر و با درخت تاکسونومی پرداخته شد. درخت‌های فیلوژنتیکی به کمک نرم‌افزار <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">Mega7</span></span> و با استفاده از الگوریتم <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">Neighbor joining</span></span> رسم شد و درخت تاکسونومی با استفاده از <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">Taxonomy Browser NCBI</span></span> استخراج شد.<span style="font-family:B Mitra;"></span><br> <strong>نتایج</strong><strong>:</strong> با مقایسه زوج درخت‌های مربوطه، درصد گونه‌های هم ارز و متوسط امتیاز هم ارزی گونه‌ها در هر زوج درخت محاسبه شد. زوج درخت ژن-پروتئین بالاترین امتیاز را در هر دو کمیت به خود اختصاص داد. در مقایسه درخت تاکسونومی با سه درخت دیگر، زوج درخت ژن-تاکسونومی بالاترین درصد را در متوسط امتیاز هم ارزی به دست آورد و زوج درخت پروتئین-تاکسونومی بالاترین درصد گونه‌های هم ارز را کسب کرد.<span dir="LTR"></span><br> <strong>نتیجه&shy; گیری:</strong> بر اساس پژوهش حاضر، می‌توان دریافت که مناسب‌ترین جایگزین برای هرکدام از درخت‌هایی که در این پژوهش برای بررسی روابط تکاملی محاسبه شده است کدام است. به بیان دیگر، کدام درخت تکاملی را می‌توان جایگزین درخت تکاملی دیگری کرد.</span></span><span dir="LTR"></span><span dir="LTR"></span></div> <p style="text-align: justify;"><span style="color:#000000;"><span style="font-family:Tahoma;"><strong>Introduction:</strong> FAD is the cofactor of FAD-FR protein family. Sulfite reductase flavoprotein alpha-component is one of the main enzymes of this family. Based on applications of this enzyme in biotechnology and industry, it was chosen as the subject of evolutionary studies in 19 specific species.<br> <strong>Method:</strong> Gene and protein sequences of sulfite reductase flavoprotein alpha-component, 5S rRNA sequences, and taxonomic tree were extracted from 19 selected bacterial species. Then, phylogenetic trees of 5S rRNA and gene and protein sequences were compared with each other and with taxonomic tree. Phylogenetic trees were drawn by Mega7 software using neighbor-joining algorithm and taxonomic tree was extracted using NCBI taxonomy browser.<br> <strong>Results:</strong> By comparing the corresponding tree pairs, the percentage of equivalent species and the mean equivalence score of species were calculated for each tree pair. The gene-protein tree was allocated the highest scores in both quantities. In comparing the taxonomic tree with three other trees, gene-taxonomy tree achieved the highest percentage in the mean equivalence score and protein-taxonomy tree obtained the highest percentage of equivalent species.<br> <strong>Conclusion</strong>: Based on the results of the present research, the best replacement for each of the trees investigated in this study regarding evolutionary relations was identified. In other words, this study helps detect which evolutionary tree can be replaced for another evolutionary tree.</span></span></p> درخت فیلوژنتیکی, درخت تاکسونومی, آنزیم سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا, ژن 5SrRNA‌, زوج درخت Phylogenetic Tree, Taxonomic Tree, Sulfite Reductase Flavoprotein Alpha-Component Enzyme, 5S rRNA Gene, Tree Pair 326 336 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-642-1&slc_lang=fa&sid=1 Elham Tarahomi الهام ترحمی elhamtarahomi@gmail.com 10031947532846005904 10031947532846005904 No M.Sc. in Molecular Genetics, Genetics Dept., Islamic Azad University, Tehran Medical Sciences, Tehran, Iran کارشناس ارشد ژنتیک مولکولی، گروه ژنتیک، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران Hossein Fahimi حسین فهیمی h.fahimi@iaups.ac.ir 10031947532846005905 10031947532846005905 No Ph.D. in Molecular Genetics, Assistant Professor, Genetics Dept., Islamic Azad University, Tehran Medical Sciences, Tehran, Iran دکتری ژنتیک مولکولی، استادیار، گروه ژنتیک، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران Mohammad Taghizadeh محمد تقی زاده mtaghizadeh@Alumni.ut.ac.ir 10031947532846005906 10031947532846005906 Yes Ph.D. in Bioinformatics, Lecturer, Biotechnology, Islamic Azad University Dept., Tehran Medical Sciences, Tehran, Iran دکتری بیوانفورماتیک، استاد مدعو، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران