fa بررسی مقایسه‌ای جهش R213G در دومین اتصالی به DNA پروتئین P53 با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی بیوانفورماتیک Bioinformatics پژوهشي اصیل Original Article <div style="text-align: justify;"><span style="line-height:2;"><span style="font-size:12px;"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="color:#000000;"><strong>مقدمه:</strong> <span dir="LTR">P53</span> یک پروتئین سرکوبگر تومور است و جهش‌های <span dir="LTR">missense</span> زیادی در ژن این پروتئین شناسایی شده است. این جهش‌ها در تعداد زیادی از سرطان‌ها مشاهده می‌شوند. <span dir="LTR">R213G</span> یکی از این موارد است که در ایجاد سرطان‌های متاستاتیک ریوی نقش دارد. در این پژوهش <span dir="LTR">R213G</span> در مقایسه با گونه وحشی با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت.<span dir="LTR"><span style="color:black;"></span></span><br> <strong>روش:</strong> برای ساختار سه بعدی پروتئین <span dir="LTR">P53</span> گونه وحشی، زنجیره <span dir="LTR">A</span> از ساختار کریستالوگرافی با <span dir="LTR">pdb</span> ایدی <span dir="LTR">1TSR</span> استفاده شد. برای جهش <span dir="LTR">R213G</span>، باقیمانده 213 این ساختار به گلایسین تغییر داده شد. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته نرم‌افزاری گرومکس 5-1-2، میدان نیروی <span dir="LTR">AMBER99SB</span> و مدل آب <span dir="LTR">TIP3P</span> به مدت 15 نانوثانیه و به صورت دو بار تکرار انجام شد. آنالیزهای <span dir="LTR">RMSD</span>، <span dir="LTR">RMSF</span>، شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل بر روی تراژکتوری‌های حاصل انجام شد.<span style="font-family:B Mitra;"></span><br> <strong>نتایج</strong><strong>:</strong> آنالیز <span dir="LTR">RMSF</span> نشان داد جهش <span dir="LTR">R213G</span> باعث تغییر انعطاف‌پذیری در یازده باقیمانده از جمله <span dir="LTR">R-248</span> می‌شود. جالب است که این باقیمانده‌ها نزدیک محل جهش نیستند؛ اما همه آن‌ها در قطعه 220-250 از این دومین واقع شده‌اند و یا باقیمانده‌های همسایه این قطعه هستند. نتایج شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل کاهش پایداری پروتئین در اثر این جهش را تأیید می‌کند.<span dir="LTR"></span><br> <strong>نتیجه‌گیری:</strong> آنالیز <span dir="LTR">RMSF</span> جهش <span dir="LTR">R213G</span> به همراه تغییرات پایداری و شعاع بیان می‌کند که این جهش می‌تواند بر روی برهمکنش <span dir="LTR">P53</span> با دیگر درشت مولکول ها تأثیر گسترده‌ای بگذارد.</span></span></span></span><span dir="LTR"></span></div> <div style="text-align: justify;"><span style="line-height:2;"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="font-size:12px;"><span style="color:#000000;"><strong>Introduction:</strong> P53 is a tumor suppressor protein with numerous missense mutations identified in its gene. These mutations are observed in a vast number of cancers. R213G is one of them which has a role in metastatic lung cancers. In this research, R213G was studied in comparison with the wild type via molecular dynamics simulation.<br> <strong>Method:</strong> For the three-dimensional structure of the wild-type P53 protein, chain A was used from crystallographic structure with PDB ID: 1TSR.&nbsp; For R213G mutation, residue 213 of this structure was changed to glycine. Molecular dynamics simulation was repeated twice for 15 ns using Gromacs 5.1.2 software package, AMBER99SB force field, and TIP3P as water model. RMSD, RMSF, radius of gyration, and potential energy analyses were performed on resulted trajectories.<br> <strong>Results:</strong> RMSF analysis showed that the R213G mutation changes the flexibility of 11 residues including R-248. These residues are not near the mutated position, but all of them are located on 220-250 fragment of this domain or are residues in the neighbor of this fragment. The radius of gyration and potential energy results confirmed a reduction in stability of this protein as a result of this mutation.<br> <strong>Conclusion:</strong> RMSF analysis of R213G mutation beside the changes in stability and radius indicated that this mutation could greatly affect the P53 interactions with other macromolecules.</span></span></span></span></div> ریشه میانگین مربعات نوسان (RMSF), انعطاف‌پذیری پروتئین, پروتئین P53, جهش missense‌, شبیه‌سازی دینامیک مولکولی Root Mean Square Fluctuation (RMSF), Protein Flexibility, P53 Protein, Missense Mutation, Molecular dynamics simulation 105 116 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-533-2&slc_lang=fa&sid=1 Elham Akbari الهام اکبری Elham_Akbari89@yahoo.com 10031947532846009824 10031947532846009824 No M.Sc. in Microbial Biotechnology, Biotechnology Dept., Faculty of Advanced Sciences and Technology, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran کارشناسی ارشد زیست‌فناوری میکروبی، گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران Mohammad Taghizadeh محمد تقی زاده mtaghizadeh@alumni.ut.ac.ir 10031947532846009825 10031947532846009825 Yes Ph.D. in Bioinformatics, Visiting Professor, Biotechnology Dept., Faculty of Advanced Sciences and Technology, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran دکتری بیوانفورماتیک، استاد مدعو گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران Fahimeh Nemati فهیمه نعمتی f_nemati82@yahoo.com 10031947532846009826 10031947532846009826 No Assistant Professor, Biotechnology Dept., Faculty of Advanced Sciences and Technology, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran استادیار، گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران