دوره 7، شماره 3 - ( 9-1399 )                   جلد 7 شماره 3 صفحات 336-326 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


دکتری بیوانفورماتیک، استاد مدعو، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
چکیده:   (2356 مشاهده)
مقدمه: خانواده پروتئینی FAD-FR دارای کوفاکتور FAD می‌باشد. یکی از آنزیم‌های مهم این خانواده سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا می‌باشد. هدف این مطالعه توجه به کاربرد‌های این آنزیم در بیوتکنولوژی و صنعت این آنزیم در 19 گونه مشخص در ارتباط با تکامل است.
روش: توالیهای ژن و پروتئین سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، توالی‌های 5SrRNA و درخت تاکسونومی برای 19 گونه انتخابی باکتریایی استخراج شد. سپس به مقایسه کمی درخت‌های فیلوژنتیکی توالی‌های 5SrRNA، ژن و پروتئین با یکدیگر و با درخت تاکسونومی پرداخته شد. درخت‌های فیلوژنتیکی به کمک نرم‌افزار Mega7 و با استفاده از الگوریتم Neighbor joining رسم شد و درخت تاکسونومی با استفاده از Taxonomy Browser NCBI استخراج شد.
نتایج: با مقایسه زوج درخت‌های مربوطه، درصد گونه‌های هم ارز و متوسط امتیاز هم ارزی گونه‌ها در هر زوج درخت محاسبه شد. زوج درخت ژن-پروتئین بالاترین امتیاز را در هر دو کمیت به خود اختصاص داد. در مقایسه درخت تاکسونومی با سه درخت دیگر، زوج درخت ژن-تاکسونومی بالاترین درصد را در متوسط امتیاز هم ارزی به دست آورد و زوج درخت پروتئین-تاکسونومی بالاترین درصد گونه‌های هم ارز را کسب کرد.
نتیجه­ گیری: بر اساس پژوهش حاضر، می‌توان دریافت که مناسب‌ترین جایگزین برای هرکدام از درخت‌هایی که در این پژوهش برای بررسی روابط تکاملی محاسبه شده است کدام است. به بیان دیگر، کدام درخت تکاملی را می‌توان جایگزین درخت تکاملی دیگری کرد.
متن کامل [PDF 1220 kb]   (1400 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
دریافت: 1398/9/8 | پذیرش: 1398/10/21

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.