:: دوره 7، شماره 4 - ( 12-1399 ) ::
جلد 7 شماره 4 صفحات 376-389 برگشت به فهرست نسخه ها
مقایسه پیش‌بینی ژن‌ هدف میکروRNAهای مرتبط با بیماری آلزایمر با ابزارهای بیوانفورماتیکی آنلاین
مریم کرائی، شمس الدین احمدی
دانشیار رشته فیزیولوژی، گروه علوم زیستی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
چکیده:   (918 مشاهده)
مقدمه: پیش‌بینی میکروRNAهای مرتبط با ژن‌های هدف با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، موجب صرفه‌جویی در وقت و هزینه‌های بررسی آزمایشگاهی می‌شود. در این مطالعه، پیش‌بینی ژن‌های هدف میکروRNAهای مرتبط با بیماری آلزایمر توسط ابزارهای بیوانفورماتیکی مختلف با داده‌های تجربی گزارش شده مقایسه شد.
روش: 41 میکروRNA که بر اساس نتایج آزمایشگاهی گزارش شده در مقالات موجب تغییر در بیان 21 ژن اصلی دخیل در بیماری آلزایمر شده‌ بودند، انتخاب گردید. سپس پیش‌بینی ژن هدف برای هر میکروRNA به وسیله سه ابزار بیوانفورماتیکی شامل MirTarget، TargetScan و Diana-microT انجام شد و نتایج به دست آمده برای هر سه ابزار با توجه به ژن‌های هدف گزارش شده برای آن‌ها با یکدیگر مقایسه گردید.
نتایج: در بررسی 41 میکروRNA گزارش شده برای 21 ژن دخیل در بیماری آلزایمر، ابزار MirTarget در 66 درصد، TargetScan در 61 درصد و Diana-microT در 27 درصد از موارد اتصال میکروRNAهای مورد نظر را به ژن هدف، تأیید نمود؛ اما اتصال 22 درصد از میکروRNAها به ژن‌های هدف، توسط هیچ‌کدام از ابزارها تأیید نشد.
نتیجه­ گیری: ابزارهای MirTarget و TargetScan نسبت به Diana-microT در پیش‌بینی ژن هدف میکروRNAهای دخیل در بیماری آلزایمر توانایی بالاتری دارند. با توجه به الگوریتم به کار گرفته شده در MirTarget، این ابزار بیوانفورماتیکی در پیش‌بینی ژن‌های هدف میکروRNAها نتایج عملکردی و واقعی‌تری را ارائه می‌کند و به عنوان یک نرم‌افزار کاربردی در پیش‌بینی اهداف میکروRNAها توصیه می‌شود. همچنین می‌توان نتیجه‌گیری نمود که تغییرات بیان ژن گزارش شده با واسطه میکروRNAها در بیماری آلزایمر، در مواردی نیاز به بررسی بیشتر دارند.
واژه‌های کلیدی: میکروRNA، بیوانفورماتیک، پیش‌بینی ژن هدف، بیماری آلزایمر
متن کامل [PDF 959 kb]   (492 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
دریافت: 1399/2/27 | پذیرش: 1399/5/20


XML   English Abstract   Print



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 7، شماره 4 - ( 12-1399 ) برگشت به فهرست نسخه ها