دوره 8، شماره 1 - ( 3-1400 )                   جلد 8 شماره 1 صفحات 116-105 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


دکتری بیوانفورماتیک، استاد مدعو گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
چکیده:   (1650 مشاهده)
مقدمه: P53 یک پروتئین سرکوبگر تومور است و جهش‌های missense زیادی در ژن این پروتئین شناسایی شده است. این جهش‌ها در تعداد زیادی از سرطان‌ها مشاهده می‌شوند. R213G یکی از این موارد است که در ایجاد سرطان‌های متاستاتیک ریوی نقش دارد. در این پژوهش R213G در مقایسه با گونه وحشی با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت.
روش: برای ساختار سه بعدی پروتئین P53 گونه وحشی، زنجیره A از ساختار کریستالوگرافی با pdb ایدی 1TSR استفاده شد. برای جهش R213G، باقیمانده 213 این ساختار به گلایسین تغییر داده شد. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته نرم‌افزاری گرومکس 5-1-2، میدان نیروی AMBER99SB و مدل آب TIP3P به مدت 15 نانوثانیه و به صورت دو بار تکرار انجام شد. آنالیزهای RMSD، RMSF، شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل بر روی تراژکتوری‌های حاصل انجام شد.
نتایج: آنالیز RMSF نشان داد جهش R213G باعث تغییر انعطاف‌پذیری در یازده باقیمانده از جمله R-248 می‌شود. جالب است که این باقیمانده‌ها نزدیک محل جهش نیستند؛ اما همه آن‌ها در قطعه 220-250 از این دومین واقع شده‌اند و یا باقیمانده‌های همسایه این قطعه هستند. نتایج شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل کاهش پایداری پروتئین در اثر این جهش را تأیید می‌کند.
نتیجه‌گیری: آنالیز RMSF جهش R213G به همراه تغییرات پایداری و شعاع بیان می‌کند که این جهش می‌تواند بر روی برهمکنش P53 با دیگر درشت مولکول ها تأثیر گسترده‌ای بگذارد.
متن کامل [PDF 1009 kb]   (742 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
دریافت: 1399/6/23 | پذیرش: 1399/10/15

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.