Journal of Health and Biomedical Informatics
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی
jhbmi
Medical Sciences
http://jhbmi.ir
1
admin
2423-3870
2423-3498
fa
jalali
1396
12
1
gregorian
2018
3
1
4
4
online
1
fulltext
fa
تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی گونههای نوکاردیا با استفاده از ژنهای 16S rRNA، hsp65 و gyrB
Phylogenetic Analysis of Nocardia spp. using 16S rRNA, hsp65 and gyrB Genes
تخصصي
Special
پژوهشي اصیل
Original Article
<div style="text-align: justify;"><strong><span style="color:black;">مقدمه:</span></strong> نوکاردیا یکی از مهمترین گروه از اکتینومایستهای هوازی است که در خاک زندگی میکند و قادر است به وسیله تنفس و تلقیح تروماتیک به بدن انسان وارد شود و عفونت نوکاردیوزیس را به وجود آورد. روشهای مولکولی یکی از بهترین روشهای سریع و دقیق برای شناسایی و افتراق این گروه از باکتریها میباشد. هدف از این مطالعه ارزیابی سه ژن خانهدار در تشخیص و تفریق مهمترین گونههای نوکاردیا بود.<br>
<strong><span style="color:black;">روش:</span></strong> در این مطالعه مقطعی، ابتدا توالی ژنهای <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">16S rRNA</span></span>، <span dir="LTR">gyrB</span> و <span dir="LTR">hsp65</span> برای ده گونه نوکاریا از بانک ژنی دریافت شد. سپس توالی ها به کمک نرمافزارهای <span dir="LTR">AL16S</span> و <span dir="LTR">jPhydit</span> هم ردیف شدند، سپس اطلاعات به برنامه <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">MEGA</span></span> منتقل شد و در نهایت درخت فیلوژنتیک براساس هر یک از ژنهای <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">16S rRNA</span></span>، <span dir="LTR">gyrB</span> و <span dir="LTR">hsp65</span> به طور جداگانه رسم شد.<br>
<strong><span style="color:black;">نتایج</span></strong><strong>:</strong> تجزیهوتحلیل درخت فیلوژنتیک حاصل از ژنهای <span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">16S rRNA</span></span>، <span dir="LTR">gyrB</span> و <span dir="LTR">hsp65</span> نشان داد که همه این ژنها گونههای نوکاردیا را تشخیص دادند. همچنین ژن <span dir="LTR">gyrB</span> بهترین گزینه برای ترسیم روابط فیلوژنتیک گونه نوکاردیا میباشد.<br>
<strong>نتیجهگیری:</strong>: براساس پژوهش حاضر، برای شناسایی و افتراق صحیح گونههای نوکاردیا میبایست چند ژن خانهدار به طور همزمان مطالعه شود.<br>
</div>
<div style="text-align: justify;"><strong>Introduction:</strong> Nocardia is one of the most important aerobic actinomycetes that lives in soil and can enter the human body by inhalation and traumatic inoculation and causes Nocardiosis. Molecular methods are one of the best methods for rapid and accurate identification and differentiation of species of this group of bacteria. The purpose of this study was evaluation of three housekeeping genes in identification and differentiation of most important species of Nocardia.<br>
<strong>Methods:</strong> In this study cross-sectional, first, gene sequences of 16S rRNA, gyrB and hsp65 for ten species of Nocardia were obtained from Genebank (NCBI). Then, those sequences were transferred to MEGA 5.0. Finally, phylogenetic trees based on each of 16S rRNA, gyrB and hsp65 genes were drawn.<br>
<strong>Results:</strong> Phylogenetic trees analysis based on 16S rRNA, gyrB and hsp65 gene sequences indicated that all of these genes could identify and differentiate Nocardia species. Also, it was found that gyrB gene is the best option for drawing the phylogenetic relationships of Nocardia species.<br>
<strong>Conclusion</strong>: According to this research, for accurate identification of Nocardia species, several housekeeping genes should be investigated simultaneously.<br>
</div>
نوکاردیا, تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک,16S rRNA
Nocardia, Phylogenetic analysis, 16S rRNA
305
312
http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-271-1&slc_lang=fa&sid=1
Masoud
Keikha
مسعود
کیخا
masoud.keykha90@gmail.com
10031947532846003687
10031947532846003687
Yes
M.Sc. student in Microbiology, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran.
دانشجوی کارشناسی ارشد میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران