[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 3، شماره 1 - ( بهار 1395 ) ::
جلد 3 شماره 1 صفحات 18-28 برگشت به فهرست نسخه ها
پیش‌بینی اهداف MicroRNAهای دخیل در سرطان سینه با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیکی
بلال صادقی
دکتری تخصصی ژنتیک حیوانی (ژنتیک مولکولی و بیوانفورماتیک)، استادیار گروه بهداشت و مواد غذایی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنرکرمان، کرمان، ایران
چکیده:   (4426 مشاهده)

مقدمه: پیش‌بینی اهداف miRNA‌ها از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. توسعه روش‌های محاسباتی و متعاقباً صرفه‌جویی در هزینه و زمان پژوهش‌های آزمایشگاهی، تأثیر به سزایی در افزایش سرعت ساخت داروهای درمانی از جمله داروهای ضد سرطانی دارد. با توجه به این که زمان کمی از شناخت miRNA‌ها می‌گذرد، روند پژوهش‌ها در ابتدا کند بود. اما به مرور با شکل‌گیری دیتابیس‌های بیولوژیکی و درک اهمیت آن‌ها، دانشمندان بر روی این زمینه سرعت مطالعات و توجه خود را افزایش داده‌اند. تاکنون چندین روش کامپیوتری برای پیش‌بینی اهداف miRNAها ساخته شده است ولی اکثر این روش‏ها دارای نرخ بالایی از مثبت‏های اشتباه هستند و هنوز جا برای بهبود این روش‌ها وجود دارد. از آنجا که مطالعات جدید نشان می‏دهد که miRNAها در بافت‏های مختلف دارای اهداف متفاوتی هستند، هدف از این مقاله ارائه‏ یک روش کامپیوتری برای پیش‌بینی اهداف، در سرطان سینه می‏باشد، تا به این طریق با اطمینان بیشتری بتوان به پیش‌بینی اهداف در این سرطان پرداخت.

روش: در این پژوهش، ابتدا انواع ویژگی‌ها استخراج شده، سپس ویژگی‌های برتر توسط دو روش CFS و ReliefF انتخاب گردیدند. انواع مدل‌های هوشمند از جمله شبکه عصبی، ماشین بردار پشتیبان با سه هسته متفاوت، الگوریتم نائیوبیز و درخت تصمیم‌گیری Random Forest بر روی داده‌ها با روش اعتبارسنجی ضربدری 10تایی تست و نتایج آن‌ها با یکدیگر مقایسه و تحلیل شد. سپس برای تأیید نتایج حاصل از داده‌های بیان ژن بهره گرفته شد.

نتایج: با استفاده از این روش 124 اثر متقابل عملگر، شامل 21 miRNA و 38 mRNA، در سرطان مورد نظر پیش‌بینی گردید.

نتیجه‌گیری: این رویکرد از لحاظ بیوانفورماتیکی برای سرطان سینه مورد تأیید قرار گرفت اما برای تأیید بیشتر این پیش‌بینی‌ها، نیاز به استفاده از روش‌های آزمایشگاهی می‌باشد.

واژه‌های کلیدی: پیش‌بینی اهداف miRNA‌ها، سرطان سینه، ماشین بردار پشتیبان، بیز
متن کامل [PDF 726 kb]   (1570 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: تخصصي
دریافت: ۱۳۹۴/۱۱/۲۸ | پذیرش: ۱۳۹۵/۱/۱۷
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA code


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Sadeghi B. Prediction of MicroRNAs (miRNAs) Targets in Breast Cancer Using Bioinformatics Methods. Journal of Health and Biomedical Informatics. 2016; 3 (1) :18-28
URL: http://jhbmi.ir/article-1-131-fa.html

صادقی بلال. پیش‌بینی اهداف MicroRNAهای دخیل در سرطان سینه با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیکی. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1395; 3 (1) :18-28

URL: http://jhbmi.ir/article-1-131-fa.html



دوره 3، شماره 1 - ( بهار 1395 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی Journal of Health and Biomedical Informatics
Persian site map - English site map - Created in 0.05 seconds with 31 queries by YEKTAWEB 3767