[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 5، شماره 2 - ( تابستان 1397 ) ::
جلد 5 شماره 2 صفحات 304-313 برگشت به فهرست نسخه ها
کاوش و استخراج برهم‌کنش‌های پروموتر/انهنسر بالقوه در ژنوم افراد سرطانی با استفاده از یک الگوریتم چندهدفه تکاملی
محمدجواد حسین پور، حمید پروین، صمد نجاتیان ، وحیده رضایی
دکتری مهندسی برق، استادیار، دانشکده مهندسی برق، واحد یاسوج، دانشگاه آزاد اسلامی، یاسوج، ایران
چکیده:   (306 مشاهده)
مقدمه: سرطان به عنوان یکی از شایع‌ترین انواع بیماری‌ها، سلامت بسیاری از انسان‌ها را تحت تأثیر قرار داده است. هدف اصلی در این مقاله، ارائه یک الگوریتم تکاملی چندهدفه می‌باشد. این الگوریتم، با استفاده از اطلاعات برهم‌کنش  بین ژنومی در کروموزوم‌های افراد مبتلا به سرطان، ناحیه‌های بالقوه پروموتر/انهنسر را کشف و استخراج می‌کند. استخراج صحیح این ناحیه‌ها می‌تواند به علم پزشکی در تشخیص زودهنگام بیماری سرطان کمک کند.
روش: پژوهش حاضر از نوع کاربردی و توصیفی می‌باشد. در این پژوهش از مجموعه داده Hi-C شامل اطلاعات مربوط به برهم‌کنش‌های بین ژنومی، در سلول GM12878 استفاده شد. جهت کشف و استخراج پروموتر/انهنسر‌های بالقوه از الگوریتمی تکاملی و چندهدفه استفاده شد. الگوریتم مذکور با استفاده از نرم‌افزار متلب پیاده‌سازی گردید. همچنین کارایی این الگوریتم نیز، با استفاده از دو معیار مورد ارزیابی قرار گرفت. معیار اول، تابع تناسبی است که میزان برهم‌کنش‌های بین ژنومی نسبت به طول نواحی ژنوم را محاسبه می‌کند و معیار دوم تعداد پروموتر/انهنسر‌های بالقوه کشف شده می‌باشد.
نتایج: نتایج و مقایسه‌های انجام گرفته در این پژوهش، نشان از کارایی بالا و بهینه بودن روش پیشنهادی در کشف پروموتر/انهنسر با طول متغیر نسبت به روش HiC-Pro می‌باشد؛ بنابراین روش پیشنهادی می‌تواند پروموتر/انهنسر‌های بالقوه‌ای را کشف کند که روش HiC-Pro قادر به کشف آن نیست.
نتیجه­ گیری: با توجه به نتایج به دست آمده، الگوریتم پیشنهادی قادر به کشف و استخراج بهینه پروموتر/انهنسرهای بالقوه با طول متغیر میباشد، که میتواند در تشخیص زودهنگام سرطان کمک شایانی به علم پزشکی کند.
واژه‌های کلیدی: پروموتر، انهسر، مجموعه داده Hi-C، الگوریتم شبیه‌سازی تبرید چند هدفه MOSA، روش HiC-Pro
متن کامل [PDF 887 kb]   (116 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
دریافت: ۱۳۹۶/۷/۳۰ | پذیرش: ۱۳۹۷/۳/۲۲
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA code


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Hosseinpoor M, Parvin H, Nejatian S, Rezaei V. Detection and Extraction of Potential Promoter/Enhancer Interactions in Genome of Cancer Patients using an Evolutionary Multi-Objective Algorithm . Journal of Health and Biomedical Informatics. 2018; 5 (2) :304-313
URL: http://jhbmi.ir/article-1-245-fa.html

حسین پور محمدجواد، پروین حمید، نجاتیان صمد، رضایی وحیده. کاوش و استخراج برهم‌کنش‌های پروموتر/انهنسر بالقوه در ژنوم افراد سرطانی با استفاده از یک الگوریتم چندهدفه تکاملی. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1397; 5 (2) :304-313

URL: http://jhbmi.ir/article-1-245-fa.html



دوره 5، شماره 2 - ( تابستان 1397 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی Journal of Health and Biomedical Informatics
Persian site map - English site map - Created in 0.06 seconds with 31 queries by YEKTAWEB 3792