[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 6، شماره 3 - ( پاییز 1398 ) ::
جلد 6 شماره 3 صفحات 255-263 برگشت به فهرست نسخه ها
بررسی خصوصیات دینامیک باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال وارفارین-آزاپروپازون در پروتئین آلبومین سرم انسانی
امیرحسین ساعی نیا ، محمد تقی زاده ، مهدی علوی
دکتری تخصصی بیوانفورماتیک، گروه بیوتکنولوژی میکروبی، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
چکیده:   (226 مشاهده)
مقدمه: آلبومین سرم انسانی یکی از مهم‌ترین پروتئین‌های خون است که توانایی اتصال به گستره زیادی از مواد مختلف و داروهای مختلفی مانند وارفارین را دارد؛ بنابراین شناخت سرم آلبومین در مطالعات دارویی نقش بسیار مهمی دارد. در این پژوهش به مطالعه دینامیک باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال وارفارین سرم آلبومین پرداخته شد.
روش: ابتدا ساختار 3 بعدی آلبومین (PDB ID:4G04) از پایگاه داده RCSB دریافت شد. سپس به کمک بسته نرم‌افزاری گرومکس شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در مدت 30 نانوثانیه بر روی زنجیره آی این ساختار کریستالوگرافی انجام شد.
نتایج: با استفاده از آنالیز RMSD که بر روی باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال انجام شد، مشاهده شد که 2 باقی‌مانده آرژینین 186 و 218 دارای تغییرات RMSD زیادی هستند، 2 باقی‌مانده لیزین 185 و 190 تقریباً دارای تغییرات زیادی هستند؛ ولی از آرژینین‌ها کمتر است و باقی‌مانده‌های دیگر مانند گلیسین 189 دارای تغییرات بسیار کمی هستند. تغییرات RMSD باقی‌مانده‌ها با سطح در دسترس حلال رابطه مستقیم دارد.
نتیجه‌گیری: نتایج به دست آمده نشان داد که جایگاه اتصال وارفارین در آلبومین می‌تواند وضعیت‌های کنفورماسیونی متنوعی با توجه به دینامیک باقی‌مانده‌های خود بگیرد. این مسئله می‌تواند در طراحی دارو بسیار مهم باشد. در کل بر اساس نتایج، باقی‌مانده‌ها به 3 دسته تقسیم شدند. از میان آن‌ها تریپتوفان 214 که بر اساس مقالات مختلف یکی از مهم‌ترین باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال به حساب می‌آید جزء کم تحرک‌ترین باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال دسته‌بندی شد.
واژه‌های کلیدی: آلبومین سرم انسانی، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، جایگاه اتصال سادلو I، آزاپروپازون، آر ام اس دی
eprint link: http://eprints.kmu.ac.ir/id/eprint/32281
متن کامل [PDF 1290 kb]   (62 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
دریافت: ۱۳۹۸/۱/۲۵ | پذیرش: ۱۳۹۸/۳/۲۷
فایل صوتی [MP3 1043 KB]  (13 دریافت)
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Saeinia A H, Taghizadeh M, Alavi S M. Investigating Dynamic Properties of Residues of Warfarin-Azapropazone Binding Site in Human Serum Albumin. Journal of Health and Biomedical Informatics. 2019; 6 (3) :255-263
URL: http://jhbmi.ir/article-1-388-fa.html

ساعی نیا امیرحسین، تقی زاده محمد، علوی مهدی. بررسی خصوصیات دینامیک باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال وارفارین-آزاپروپازون در پروتئین آلبومین سرم انسانی. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1398; 6 (3) :255-263

URL: http://jhbmi.ir/article-1-388-fa.html



دوره 6، شماره 3 - ( پاییز 1398 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی Journal of Health and Biomedical Informatics
Persian site map - English site map - Created in 0.06 seconds with 32 queries by YEKTAWEB 4030