دوره 6، شماره 4 - ( 12-1398 )
جلد 6 شماره 4 صفحات 332-320 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Ebrahimi Tarki F, Bourbour M, Zarrabi M. Design, Modeling and Computational Analysis of crRNA to Regulate MetastamiR-10b and MetastamiR-126 in Post-transcriptional Level by CRISPR-C2c2 (Cas13a) Technique. jhbmi 2020; 6 (4) :320-332
URL: http://jhbmi.ir/article-1-390-fa.html
URL: http://jhbmi.ir/article-1-390-fa.html
ابراهیمی ترکی فاطمه، بوربور مهسا، ضرابی محبوبه. طراحی، مدل‌سازی و آنالیز محاسباتی crRNA برای تنظیم در سطح پسارونویسی metastamiR-10b و metastamiR-126 با استفاده از تکنیک (CRISPR-C2c2 (Cas13a. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1398; 6 (4) :320-332
دکترای بیوفیزیک، استادیار، گروه بیوتکنولوژی، آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران
چکیده: (4140 مشاهده)
مقدمه: یکی از مهم‌ترین دلایل مرگ‌و‌میر در بین بیماران سرطانی متاستاز است. اخیراً نشان داده شده است که گروه خاصی از miRNAها(microRNA) که metastamir نامیده می‌شوند دارای اثر متاستاتیکی هستند. miR-126 ارتباط مشخصی با متاستاز سرطان روده به کبد دارد. همچنین در متاستاز سرطان سینه miR-10b بیان بیش از حد پیدا می‌کند؛ بنابراین کاهش سطح بیان این miRNAها می‌تواند نقش مهمی در کاهش احتمال متاستاز داشته باشد. در این تحقیق تکنیک CRISPR-C2c2(Cas13a) به منظور هدفگیری پیش‌سازهای miRNA جهت کاهش اثر متاستاتیکی آن‌ها مورد بررسی قرار گرفت.
روش: پژوهش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری انجام شد. ساختار آنزیم C2c2 از پایگاه داده RCSB و توالی‌های miRNA و پیش‌سازهای آن‌ها از پایگاه‌های داده MirBase و Mirnamap تهیه شدند. با استفاده از سیستم برخط CRISPR-RT، crRNAهای هدف گیرنده توالی مورد نظر طراحی و از نظر اختصاصیت مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفتند. ساختار سه بعدی crRNAهای طراحی شده با استفاده از نرم‌افزار RNAbuider2.8.2 شبیهسازی و به منظور بررسی نحوه اتصال و سطح انرژی اتصالی crRNA با آنزیم C2c2(Cas13a) از سرور Hdock استفاده شد.
نتایج:crRNA طراحی شده با هدف mir-126 مشابهت ساختاری بالا با وضعیت مشاهده شده در طبیعت نشان داده و جهتگیری مناسب حاصل شد. در مورد crRNA طراحی شده به منظور هدفگیری mir-10b با وجود اختصاصیت بالا جهتگیری درستی ایجاد نشد.
نتیجهگیری: بررسی توالی محور crRNAهای طراحی شده برای ویرایش در سطح RNA کافی نیست و توصیه میشود در کنار بررسیهای برپایه اختصاصیت، شبیهسازی و داکینگ مولکولی به منظور دقت هر چه بیشتر انجام شود.
روش: پژوهش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری انجام شد. ساختار آنزیم C2c2 از پایگاه داده RCSB و توالی‌های miRNA و پیش‌سازهای آن‌ها از پایگاه‌های داده MirBase و Mirnamap تهیه شدند. با استفاده از سیستم برخط CRISPR-RT، crRNAهای هدف گیرنده توالی مورد نظر طراحی و از نظر اختصاصیت مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفتند. ساختار سه بعدی crRNAهای طراحی شده با استفاده از نرم‌افزار RNAbuider2.8.2 شبیهسازی و به منظور بررسی نحوه اتصال و سطح انرژی اتصالی crRNA با آنزیم C2c2(Cas13a) از سرور Hdock استفاده شد.
نتایج:crRNA طراحی شده با هدف mir-126 مشابهت ساختاری بالا با وضعیت مشاهده شده در طبیعت نشان داده و جهتگیری مناسب حاصل شد. در مورد crRNA طراحی شده به منظور هدفگیری mir-10b با وجود اختصاصیت بالا جهتگیری درستی ایجاد نشد.
نتیجهگیری: بررسی توالی محور crRNAهای طراحی شده برای ویرایش در سطح RNA کافی نیست و توصیه میشود در کنار بررسیهای برپایه اختصاصیت، شبیهسازی و داکینگ مولکولی به منظور دقت هر چه بیشتر انجام شود.
واژه‌های کلیدی: -CRISPR-C2C2(Cas13a)- metastamiR، مهار متاستاز crRNA- CRISPR-RT
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
