[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 6، شماره 4 - ( 12-1398 ) ::
جلد 6 شماره 4 صفحات 320-332 برگشت به فهرست نسخه ها
طراحی، مدل‌سازی و آنالیز محاسباتی crRNA برای تنظیم در سطح پسارونویسی metastamiR-10b و metastamiR-126 با استفاده از تکنیک (CRISPR-C2c2 (Cas13a
فاطمه ابراهیمی ترکی، مهسا بوربور، محبوبه ضرابی
دکترای بیوفیزیک، استادیار، گروه بیوتکنولوژی، آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران
چکیده:   (696 مشاهده)
مقدمه: یکی از مهم‌ترین دلایل مرگ‌و‌میر در بین بیماران سرطانی متاستاز است. اخیراً نشان داده شده است که گروه خاصی از miRNA‌ها(microRNA) که metastamir نامیده میشوند دارای اثر متاستاتیکی هستند. miR-126 ارتباط مشخصی با متاستاز سرطان روده به کبد دارد. همچنین در متاستاز سرطان سینه miR-10b بیان بیش از حد پیدا میکند؛ بنابراین کاهش سطح بیان این miRNA‌ها می‌تواند نقش مهمی در کاهش احتمال متاستاز داشته باشد. در این تحقیق تکنیک CRISPR-C2c2(Cas13a) به منظور هدفگیری پیشسازهای miRNA جهت کاهش اثر متاستاتیکی آن‌ها مورد بررسی قرار گرفت.
روش: پژوهش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری انجام شد. ساختار آنزیم C2c2 از پایگاه داده RCSB و توالیهای miRNA و پیش‌سازهای آن‌ها از پایگاه‌های داده MirBase و Mirnamap تهیه شدند. با استفاده از سیستم برخط CRISPR-RT، crRNAهای هدف گیرنده توالی مورد نظر طراحی و از نظر اختصاصیت مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفتند. ساختار سه بعدی crRNAهای طراحی شده با استفاده از نرم‌افزار RNAbuider2.8.2 شبیه‌سازی و به منظور بررسی نحوه اتصال و سطح انرژی اتصالی crRNA با آنزیم C2c2(Cas13a) از سرور Hdock استفاده شد.
نتایج:crRNA طراحی شده با هدف mir-126 مشابهت ساختاری بالا با وضعیت مشاهده شده در طبیعت نشان داده و جهت­گیری مناسب حاصل شد. در مورد crRNA طراحی شده به منظور هدف­گیری mir-10b با وجود اختصاصیت بالا جهت­گیری درستی ایجاد نشد.
نتیجه­گیری: بررسی توالی محور crRNAهای طراحی شده برای ویرایش در سطح RNA کافی نیست و توصیه می­شود در کنار بررسی­های برپایه اختصاصیت، شبیه­سازی و داکینگ مولکولی به منظور دقت هر چه بیشتر انجام شود.
واژه‌های کلیدی: -CRISPR-C2C2(Cas13a)- metastamiR‌، مهار متاستاز crRNA- CRISPR-RT
متن کامل [PDF 1500 kb]   (100 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
دریافت: ۱۳۹۸/۱/۲۷ | پذیرش: ۱۳۹۸/۴/۲۲
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Ebrahimi Tarki F, Bourbour M, Zarrabi M. Design, Modeling and Computational Analysis of crRNA to Regulate MetastamiR-10b and MetastamiR-126 in Post-transcriptional Level by CRISPR-C2c2 (Cas13a) Technique. Journal of Health and Biomedical Informatics. 2020; 6 (4) :320-332
URL: http://jhbmi.ir/article-1-390-fa.html

ابراهیمی ترکی فاطمه، بوربور مهسا، ضرابی محبوبه. طراحی، مدل‌سازی و آنالیز محاسباتی crRNA برای تنظیم در سطح پسارونویسی metastamiR-10b و metastamiR-126 با استفاده از تکنیک (CRISPR-C2c2 (Cas13a. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1398; 6 (4) :320-332

URL: http://jhbmi.ir/article-1-390-fa.html



دوره 6، شماره 4 - ( 12-1398 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی Journal of Health and Biomedical Informatics
Persian site map - English site map - Created in 0.06 seconds with 32 queries by YEKTAWEB 4111