دوره 7، شماره 4 - ( 12-1399 )
جلد 7 شماره 4 صفحات 465-453 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Allahyari Fard N, Davari A, Karbalaei A, Zamani M R. Investigation of Network of Proteins Effective in Esophageal, Gastric and Colon Cancers and Determination of Key Common Proteins Using In Silico Method. jhbmi 2021; 7 (4) :453-465
URL: http://jhbmi.ir/article-1-472-fa.html
URL: http://jhbmi.ir/article-1-472-fa.html
الهیاری فرد نجف، داوری افروز، کربلایی عطیه، زمانی محمدرضا. بررسی شبکه پروتئینهای مؤثر در سرطان‌های مری، معده و روده و تعیین پروتئینهای مشترک کلیدی به روش In silico. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1399; 7 (4) :453-465
دکتری زیست شناسی- ژنتیک مولکولی، استادیار، گروه زیست فناوری سامانه‌ای، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست‌فناوری، تهران، ایران
چکیده: (2511 مشاهده)
مقدمه: شیوع سرطان‌های مربوط به گوارش، بخصوص معده و روده رو به افزایش است. ازطرفی سرطان معده شایع‌ترین سرطان دستگاه گوارش در ایران بوده و سن ابتلا به سرطان مری و روده در ایران کاهش یافته است. درنتیجه بررسی عوامل و پروتئینهای دخیل در این سرطان‌ها بسیار حائز اهمیت است.
روش: در این پژوهش به منظور بررسی شبکه‌های میانکنشی پروتئینهای دخیل در سرطان‌های مری، معده و روده از تحقیقات قبلی، با رویکرد کمی استفاده شده است. ابتدا پروتئینهای شناسایی شده سرطان‌های مری، معده و روده از پایگاههای داده مربوطه و مقالات استخراج شد، سپس ترسیم و تحلیل تقاطع و تعیین پروتئینهای کلیدی در شبکه میانکنشی پروتئینها با استفاده از سرورها و نرم افزارهای STRING 11.0, Cytoscape 3.7.3, NDEx 2.4.3, UniProt انجام شد. از افزونه CentiScaPe 2.2 و CytoHubba با بررسی شاخصهای مرکزیت مختلف برای تعیین گره‌های کلیدی و پروتئینهای مشترک مرکزی استفاده شد. درنهایت پس از بررسی پروفایل بیانی پروتئینهای با شاخصهای مرکزیت بالادر Expression Atlas, GEPIA2, GTEx v8 ، پروتئینهای مشترک در هر سه سرطان تعیین شدند.
نتایج: نتایج نشان داد پروتئینهای PLK1, CCNB1, CCNA2, BUB1B, CDK1 به عنوان مشترک مرکزی در هر سه بافت هستند. این پروتئینها ضمن داشتن همبستگی بالا (R=>0/8) با یکدیگر، دارای تفاوت بیان معنی دار در بافتهای نرمال و سرطانی هستند.
نتیجه گیری: پروتئینهایPLK1, CCNB1, CCNA2, BUB1B, CDK1 میتوانند به عنوان مارکر تشخیصی و درمانی سرطان‌های مری، معده و روده استفاده شوند. ادامه مطالعات بر روی این پروتئینها آینده روشنی را برای یافتن درمان انواع مختلف سرطان دستگاه گوارش در پی دارد.
واژه‌های کلیدی: سرطان مری، سرطان معده، سرطان روده، شبکه میانکنشی پروتئینها، پروتئین مرکزی، زیست سامانه‌ای
فایل صوتی [MP3 2204 KB] (67 دریافت)
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
