دوره 8، شماره 1 - ( 3-1400 )
جلد 8 شماره 1 صفحات 116-105 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Akbari E, Taghizadeh M, Nemati F. Comparative Investigation of R213G Mutation in DNA-Binding Domain of P53 Protein via Molecular Dynamics Simulation. jhbmi 2021; 8 (1) :105-116
URL: http://jhbmi.ir/article-1-524-fa.html
URL: http://jhbmi.ir/article-1-524-fa.html
اکبری الهام، تقی زاده محمد، نعمتی فهیمه. بررسی مقایسه‌ای جهش R213G در دومین اتصالی به DNA پروتئین P53 با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1400; 8 (1) :105-116
بررسی مقایسه‌ای جهش R213G در دومین اتصالی به DNA پروتئین P53 با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
دکتری بیوانفورماتیک، استاد مدعو گروه زیست‌فناوری، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
چکیده: (2005 مشاهده)
مقدمه: P53 یک پروتئین سرکوبگر تومور است و جهش‌های missense زیادی در ژن این پروتئین شناسایی شده است. این جهش‌ها در تعداد زیادی از سرطان‌ها مشاهده می‌شوند. R213G یکی از این موارد است که در ایجاد سرطان‌های متاستاتیک ریوی نقش دارد. در این پژوهش R213G در مقایسه با گونه وحشی با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت.
روش: برای ساختار سه بعدی پروتئین P53 گونه وحشی، زنجیره A از ساختار کریستالوگرافی با pdb ایدی 1TSR استفاده شد. برای جهش R213G، باقیمانده 213 این ساختار به گلایسین تغییر داده شد. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته نرم‌افزاری گرومکس 5-1-2، میدان نیروی AMBER99SB و مدل آب TIP3P به مدت 15 نانوثانیه و به صورت دو بار تکرار انجام شد. آنالیزهای RMSD، RMSF، شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل بر روی تراژکتوری‌های حاصل انجام شد.
نتایج: آنالیز RMSF نشان داد جهش R213G باعث تغییر انعطاف‌پذیری در یازده باقیمانده از جمله R-248 می‌شود. جالب است که این باقیمانده‌ها نزدیک محل جهش نیستند؛ اما همه آن‌ها در قطعه 220-250 از این دومین واقع شده‌اند و یا باقیمانده‌های همسایه این قطعه هستند. نتایج شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل کاهش پایداری پروتئین در اثر این جهش را تأیید می‌کند.
نتیجه‌گیری: آنالیز RMSF جهش R213G به همراه تغییرات پایداری و شعاع بیان می‌کند که این جهش می‌تواند بر روی برهمکنش P53 با دیگر درشت مولکول ها تأثیر گسترده‌ای بگذارد.
روش: برای ساختار سه بعدی پروتئین P53 گونه وحشی، زنجیره A از ساختار کریستالوگرافی با pdb ایدی 1TSR استفاده شد. برای جهش R213G، باقیمانده 213 این ساختار به گلایسین تغییر داده شد. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته نرم‌افزاری گرومکس 5-1-2، میدان نیروی AMBER99SB و مدل آب TIP3P به مدت 15 نانوثانیه و به صورت دو بار تکرار انجام شد. آنالیزهای RMSD، RMSF، شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل بر روی تراژکتوری‌های حاصل انجام شد.
نتایج: آنالیز RMSF نشان داد جهش R213G باعث تغییر انعطاف‌پذیری در یازده باقیمانده از جمله R-248 می‌شود. جالب است که این باقیمانده‌ها نزدیک محل جهش نیستند؛ اما همه آن‌ها در قطعه 220-250 از این دومین واقع شده‌اند و یا باقیمانده‌های همسایه این قطعه هستند. نتایج شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل کاهش پایداری پروتئین در اثر این جهش را تأیید می‌کند.
نتیجه‌گیری: آنالیز RMSF جهش R213G به همراه تغییرات پایداری و شعاع بیان می‌کند که این جهش می‌تواند بر روی برهمکنش P53 با دیگر درشت مولکول ها تأثیر گسترده‌ای بگذارد.
واژه‌های کلیدی: ریشه میانگین مربعات نوسان (RMSF)، انعطاف‌پذیری پروتئین، پروتئین P53، جهش missense، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
فایل صوتی [MP3 2763 KB] (61 دریافت)
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
