[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 7، شماره 3 - ( 9-1399 ) ::
جلد 7 شماره 3 صفحات 326-336 برگشت به فهرست نسخه ها
مقایسه کمی زوج درخت‌های حاصل از درخت‌های فیلوژنتیکی ژن و پروتئین برای آنزیم سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، درخت‌های 5SrRNA و تاکسونومی در گونه‌های منتخب باکتریایی
الهام ترحمی ، حسین فهیمی ، محمد تقی زاده
دکتری بیوانفورماتیک، استاد مدعو، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری‌های نوین، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
چکیده:   (791 مشاهده)
مقدمه: خانواده پروتئینی FAD-FR دارای کوفاکتور FAD می‌باشد. یکی از آنزیم‌های مهم این خانواده سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا می‌باشد. هدف این مطالعه توجه به کاربرد‌های این آنزیم در بیوتکنولوژی و صنعت این آنزیم در 19 گونه مشخص در ارتباط با تکامل است.
روش: توالیهای ژن و پروتئین سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، توالی‌های 5SrRNA و درخت تاکسونومی برای 19 گونه انتخابی باکتریایی استخراج شد. سپس به مقایسه کمی درخت‌های فیلوژنتیکی توالی‌های 5SrRNA، ژن و پروتئین با یکدیگر و با درخت تاکسونومی پرداخته شد. درخت‌های فیلوژنتیکی به کمک نرم‌افزار Mega7 و با استفاده از الگوریتم Neighbor joining رسم شد و درخت تاکسونومی با استفاده از Taxonomy Browser NCBI استخراج شد.
نتایج: با مقایسه زوج درخت‌های مربوطه، درصد گونه‌های هم ارز و متوسط امتیاز هم ارزی گونه‌ها در هر زوج درخت محاسبه شد. زوج درخت ژن-پروتئین بالاترین امتیاز را در هر دو کمیت به خود اختصاص داد. در مقایسه درخت تاکسونومی با سه درخت دیگر، زوج درخت ژن-تاکسونومی بالاترین درصد را در متوسط امتیاز هم ارزی به دست آورد و زوج درخت پروتئین-تاکسونومی بالاترین درصد گونه‌های هم ارز را کسب کرد.
نتیجه­ گیری: بر اساس پژوهش حاضر، می‌توان دریافت که مناسب‌ترین جایگزین برای هرکدام از درخت‌هایی که در این پژوهش برای بررسی روابط تکاملی محاسبه شده است کدام است. به بیان دیگر، کدام درخت تکاملی را می‌توان جایگزین درخت تکاملی دیگری کرد.
واژه‌های کلیدی: درخت فیلوژنتیکی، درخت تاکسونومی، آنزیم سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، ژن 5SrRNA‌، زوج درخت
متن کامل [PDF 1220 kb]   (307 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
دریافت: 1398/9/8 | پذیرش: 1398/10/21
فایل صوتی [M4A 727 KB]  (30 دریافت)
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Tarahomi E, Fahimi H, Taghizadeh M. Quantitative Comparison of Tree Pairs Resulted from Gene and Protein Phylogenetic Trees for Sulfite Reductase Flavoprotein Alpha-Component and 5S rRNA and Taxonomic Trees in Selected Bacterial Species. Journal of Health and Biomedical Informatics. 2020; 7 (3) :326-336
URL: http://jhbmi.ir/article-1-461-fa.html

ترحمی الهام، فهیمی حسین، تقی زاده محمد. مقایسه کمی زوج درخت‌های حاصل از درخت‌های فیلوژنتیکی ژن و پروتئین برای آنزیم سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، درخت‌های 5SrRNA و تاکسونومی در گونه‌های منتخب باکتریایی. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1399; 7 (3) :326-336

URL: http://jhbmi.ir/article-1-461-fa.html



دوره 7، شماره 3 - ( 9-1399 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی Journal of Health and Biomedical Informatics
Persian site map - English site map - Created in 0.04 seconds with 29 queries by YEKTAWEB 4312