[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 7، شماره 4 - ( 12-1399 ) ::
جلد 7 شماره 4 صفحات 453-465 برگشت به فهرست نسخه ها
بررسی شبکه پروتئین‌های مؤثر در سرطان‌های مری، معده و روده و تعیین پروتئین‌های مشترک کلیدی به روش In silico
نجف الهیاری فرد ، افروز داوری، عطیه کربلایی، محمدرضا زمانی
دکتری زیست شناسی- ژنتیک مولکولی، استادیار، گروه زیست فناوری سامانه‌ای، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست‌فناوری، تهران، ایران
چکیده:   (375 مشاهده)

مقدمه: شیوع سرطان‌های مربوط به گوارش، بخصوص معده و روده رو به افزایش است. ازطرفی سرطان معده شایع‌ترین سرطان دستگاه گوارش در ایران بوده و سن ابتلا به سرطان مری و روده در ایران کاهش یافته است. درنتیجه بررسی عوامل و پروتئین‌های دخیل در این سرطان‌ها بسیار حائز اهمیت است.
روش: در این پژوهش به منظور بررسی شبکه‌های میانکنشی پروتئین‌های دخیل در سرطان‌های مری، معده و روده از تحقیقات قبلی، با رویکرد کمی استفاده شده است. ابتدا پروتئین‌های شناسایی شده‌ سرطان‌های مری، معده و روده از پایگاه­های داده مربوطه و مقالات استخراج شد، سپس ترسیم و تحلیل تقاطع و تعیین پروتئین­های کلیدی در شبکه‌ میانکنشی پروتئین­ها  با استفاده از سرورها و نرم افزارهای STRING 11.0, Cytoscape 3.7.3, NDEx 2.4.3, UniProt   انجام شد. از افزونه CentiScaPe 2.2  و CytoHubba با بررسی شاخص‌های مرکزیت مختلف برای تعیین گره‌های کلیدی و پروتئین­های مشترک مرکزی استفاده شد. درنهایت پس از بررسی پروفایل بیانی پروتئین­های با شاخص­های مرکزیت بالادر Expression Atlas, GEPIA2, GTEx v8 ، پروتئین­های مشترک در هر سه سرطان تعیین شدند.
نتایج: نتایج نشان داد پروتئین­های PLK1, CCNB1, CCNA2, BUB1B, CDK1  به عنوان مشترک مرکزی در هر سه بافت هستند. این پروتئین­ها ضمن داشتن همبستگی بالا (R=>0/8) با یکدیگر، دارای تفاوت بیان معنی­ دار در بافت­های نرمال و سرطانی هستند.  
نتیجه گیری: پروتئین­هایPLK1, CCNB1, CCNA2, BUB1B, CDK1  می­توانند به عنوان مارکر تشخیصی و درمانی سرطان‌های مری، معده و روده استفاده شوند. ادامه‌ مطالعات بر روی این پروتئین­ها آینده‌ روشنی را برای یافتن درمان انواع مختلف سرطان دستگاه گوارش در پی دارد.
واژه‌های کلیدی: سرطان مری، سرطان معده، سرطان روده، شبکه‌ میانکنشی پروتئینها، پروتئین مرکزی، زیست سامانه‌ای
متن کامل [PDF 1854 kb]   (92 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي اصیل | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
دریافت: 1398/10/12 | پذیرش: 1398/12/12
فایل صوتی [MP3 2204 KB]  (20 دریافت)
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Allahyari Fard N, Davari A, Karbalaei A, Zamani M R. Investigation of Network of Proteins Effective in Esophageal, Gastric and Colon Cancers and Determination of Key Common Proteins Using In Silico Method. Journal of Health and Biomedical Informatics. 2021; 7 (4) :453-465
URL: http://jhbmi.ir/article-1-472-fa.html

الهیاری فرد نجف، داوری افروز، کربلایی عطیه، زمانی محمدرضا. بررسی شبکه پروتئین‌های مؤثر در سرطان‌های مری، معده و روده و تعیین پروتئین‌های مشترک کلیدی به روش In silico. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1399; 7 (4) :453-465

URL: http://jhbmi.ir/article-1-472-fa.html



دوره 7، شماره 4 - ( 12-1399 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی Journal of Health and Biomedical Informatics
Persian site map - English site map - Created in 0.04 seconds with 30 queries by YEKTAWEB 4312