دوره 10، شماره 3 - ( 9-1402 )
جلد 10 شماره 3 صفحات 293-269 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Sarvmeili J, Baghban Kohnehrouz B, Gholizadeh A, Ofoghi H, Shanehbandi D. Introduction of an Efficient Multiepitopic Vaccine Against Different SARS-CoV-2 Strains: Reverse Vaccinology. jhbmi 2023; 10 (3) :269-293
URL: http://jhbmi.ir/article-1-796-fa.html
URL: http://jhbmi.ir/article-1-796-fa.html
سرومیلی جواد، باغبان کهنه روز بهرام، قلی زاده اشرف، افقی حمیده، شانه بندی داریوش. معرفی یک واکسن چند اپی‌توپی کارآمد در برابر سویه‌های مختلف SARS-CoV-2: واکسینولوژی معکوس. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1402; 10 (3) :269-293
دکتری بیولوژی مولکولی و بیوتکنولوژی، دانشیار، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
چکیده: (344 مشاهده)
مقدمه: در سال‌های اخیر، COVID-19 به عنوان تهدیدی در زمینه سلامت شناخته شده است. با وجود واکسیناسیون هنوز هم افراد به این بیماری مبتلا می‌شوند چراکه واریانت‌های به‌روزتر دارای جهش‌هایی در ژنوم خود هستند که در اتصال به گیرنده‌های میزبان و فرار از پاسخ‌های سیستم ایمنی نقش دارند. از این رو مهم‌ترین هدف این مطالعه معرفی یک واکسن سریع و کاربردی به کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی برای مقابله با این جهش‌های متنوع در سویه‌های مختلف SARS-CoV-2 است.
روش: به‌منظور نقشه‌برداری اپی‌توپ‌ها، پروتئین اسپایک 32 واریانت مختلف بازیابی شد. سپس از (Immune Epitope Database) IEDB،NetCTL و NetMHCIIpan برای پیش‌بینی اپی‌توپ‌های سلول T و B استفاده شد. واکسن مبتنی بر اپی‌توپ‌های حفاظت‌شده از نظر آنتی‌ژنی، حساسیت‌زایی، سمیت، حلالیت، خواص فیزیکوشیمیایی، پوشش جمعیتی و ساختار ثانویه با سرورهای مربوطه بررسی شدند. مدل‌سازی به کمک Robetta و داکینگ با گیرنده شبه (TLR3) Toll ، به ترتیب با استفاده از Cluspro، PatchDock و FireDock انجام شد.
نتایج: پس از ارزیابی‌های دقیق، تمامی نتایج کیفیت مطلوب واکسن را تأیید کردند. طبق بررسی‌های بیشتر این ساختار مشابه پروتئین بومی است و برهمکنشی پایدار و قوی بین واکسن و گیرنده وجود دارد. براساس شبیه‌سازی دینامیک مولکولی فشردگی ساختاری و پایداری در اتصال نیز مشاهد شد. علاوه بر این، شبیه‌سازی ایمنی نشان داد که واکسن می‌تواند پاسخ‌های ایمنی مشابه با شرایط واقعی را تحریک نماید. در نهایت، بهینه‌سازی کدون و شبیه‌سازی in silico بیان کارآمد در Escherichia coli را تأیید کرد.
نتیجه‌گیری: براساس نتایج به دست آمده واکسن چند اپی‌توپی طراحی شده می‌تواند به عنوان یک کاندیدای پیشگیری کننده در برابر SARS-CoV-2 عمل نماید.
روش: به‌منظور نقشه‌برداری اپی‌توپ‌ها، پروتئین اسپایک 32 واریانت مختلف بازیابی شد. سپس از (Immune Epitope Database) IEDB،NetCTL و NetMHCIIpan برای پیش‌بینی اپی‌توپ‌های سلول T و B استفاده شد. واکسن مبتنی بر اپی‌توپ‌های حفاظت‌شده از نظر آنتی‌ژنی، حساسیت‌زایی، سمیت، حلالیت، خواص فیزیکوشیمیایی، پوشش جمعیتی و ساختار ثانویه با سرورهای مربوطه بررسی شدند. مدل‌سازی به کمک Robetta و داکینگ با گیرنده شبه (TLR3) Toll ، به ترتیب با استفاده از Cluspro، PatchDock و FireDock انجام شد.
نتایج: پس از ارزیابی‌های دقیق، تمامی نتایج کیفیت مطلوب واکسن را تأیید کردند. طبق بررسی‌های بیشتر این ساختار مشابه پروتئین بومی است و برهمکنشی پایدار و قوی بین واکسن و گیرنده وجود دارد. براساس شبیه‌سازی دینامیک مولکولی فشردگی ساختاری و پایداری در اتصال نیز مشاهد شد. علاوه بر این، شبیه‌سازی ایمنی نشان داد که واکسن می‌تواند پاسخ‌های ایمنی مشابه با شرایط واقعی را تحریک نماید. در نهایت، بهینه‌سازی کدون و شبیه‌سازی in silico بیان کارآمد در Escherichia coli را تأیید کرد.
نتیجه‌گیری: براساس نتایج به دست آمده واکسن چند اپی‌توپی طراحی شده می‌تواند به عنوان یک کاندیدای پیشگیری کننده در برابر SARS-CoV-2 عمل نماید.
واژه‌های کلیدی: شبیه‌سازی دینامیکی، ایمونوانفورماتیک، شبیه‌سازی ایمنی، داکینگ مولکولی، واکسن چند اپی‌توپی
فایل صوتی [MP3 975 KB] (13 دریافت)
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
