دوره 6، شماره 1 - ( بهار 1398 )
جلد 6 شماره 1 صفحات 67-59 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Bamdad K, Dadfar F, Eshraghi S. Bioinformatics Study of the Effect of Brain-derived Neurogenic Factor (BDNF) on Gene Expression in SH-SY5Y Cell Line. jhbmi 2019; 6 (1) :59-67
URL: http://jhbmi.ir/article-1-342-fa.html
URL: http://jhbmi.ir/article-1-342-fa.html
بامداد کورش، دادفر فرشته، اشراقی شهناز. بررسی بیوانفورماتیکی تأثیر فاکتور نورون‌زایی مشتق شده از مغز بر میزان بیان ژن در رده سلولی SH-SY5Y. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1398; 6 (1) :59-67
دکتری فیزیولوزی جانوری، استادیار، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران
چکیده: (5442 مشاهده)
مقدمه: با توجه به اهمیت بررسی و شناسایی مسیرهای حفاظتی BDNF، تحقیق اخیر با استفاده از پایگاه‌های داده بیوانفورماتیکی با هدف آنالیز میزان بیان ژن‌های ثبت شده در پایگاه داده NCBI به منظور شناخت ژن‌های بیان شده در رده سلولی SH-SY5Y در نتیجه تیمار با BDNF و استرس اکسیداتیو و شناسایی مسیرهای حفاظتی BDNF انجام شد.
روش: در مطالعه حاضر با استفاده از سرورهای بیوانفورماتیکی و پایگاه داده NCBI و با جستجوی کتابخانه‌هایی حاوی بیش از ۴۸۰۰۰ واحد داده حاصل از تجزیه و تحلیل نرم افزار Illumina و Bid studio با نمونه‌برداری دستی در مرحله نخست (بر اساس P -value) و در مرحله دوم بر اساس میزان ارتباط با سازگاری نورون توسط نرم‌افزار SPSS نسخه 20 میزان همبستگی پیرسون و همبستگی اسپیرمن و رابطه خطی با سنجش میزان برازش یا رگرسیون اندازه‌گیری و آنالیزها انجام شد.
نتایج: همبستگی پیرسون بین داده‌های CTR و CMP مثبت و رابطه خطی بین آن‌ها با اندازه‌گیری رگرسیون مثبت تأیید گردید. بر اساس نتایج به دست آمده، درصد پروتئین‌های سازگار کننده نورون از داده‌های CTR نسبت به داده‌های CMP بیشتر بود. بیشترین پروتئین‌های حفاظت نورون مربوط به حفظ شکل سلول و اسکلت سلولی و مرتبط با بقای نورون بودند.
نتیجه‌گیری: در نتیجه تماس نورون‌ها با BDNF، برخی از ژن‌ها به صورت اختصاصی بیان شدند؛ بنابراین این عامل می‌تواند سبب افزایش طول عمر و سازگاری بیشتر نورون‌ها باشد.
روش: در مطالعه حاضر با استفاده از سرورهای بیوانفورماتیکی و پایگاه داده NCBI و با جستجوی کتابخانه‌هایی حاوی بیش از ۴۸۰۰۰ واحد داده حاصل از تجزیه و تحلیل نرم افزار Illumina و Bid studio با نمونه‌برداری دستی در مرحله نخست (بر اساس P -value) و در مرحله دوم بر اساس میزان ارتباط با سازگاری نورون توسط نرم‌افزار SPSS نسخه 20 میزان همبستگی پیرسون و همبستگی اسپیرمن و رابطه خطی با سنجش میزان برازش یا رگرسیون اندازه‌گیری و آنالیزها انجام شد.
نتایج: همبستگی پیرسون بین داده‌های CTR و CMP مثبت و رابطه خطی بین آن‌ها با اندازه‌گیری رگرسیون مثبت تأیید گردید. بر اساس نتایج به دست آمده، درصد پروتئین‌های سازگار کننده نورون از داده‌های CTR نسبت به داده‌های CMP بیشتر بود. بیشترین پروتئین‌های حفاظت نورون مربوط به حفظ شکل سلول و اسکلت سلولی و مرتبط با بقای نورون بودند.
نتیجه‌گیری: در نتیجه تماس نورون‌ها با BDNF، برخی از ژن‌ها به صورت اختصاصی بیان شدند؛ بنابراین این عامل می‌تواند سبب افزایش طول عمر و سازگاری بیشتر نورون‌ها باشد.
واژه‌های کلیدی: نورون، فاکتور نورون‌زایی مشتق‌شده از مغز، SH-SY5Y، NCBI
eprint link: http://eprints.kmu.ac.ir/id/eprint/31286
eprint link: http://eprints.kmu.ac.ir/id/eprint/31286
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
